结论：工作时间内因自身疾病导致昏迷，一般情况下不能直接认定为工伤，但存在例外情形，如符合视同工伤的情形则可认定为工伤。以下为你详细分析：

一般情况：不能认定为工伤

根据《工伤保险条例》第十四条规定，职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：

1. 在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的；
2. 工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的；
3. 在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的；
4. 患职业病的；
5. 因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的；
6. 在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的；
7. 法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。

从上述规定可以看出，认定工伤的关键要素是“工作原因”。工作时间内因自身疾病导致昏迷，并非是由于工作原因受到事故伤害，也不符合其他认定工伤的情形，所以一般情况下不能认定为工伤。例如，一名办公室职员在工作时间内突然因高血压发作而昏迷，这种情况通常不会被认定为工伤，因为高血压发作是其自身身体原因导致的，并非工作直接引发。

例外情况：视同工伤

不过，《工伤保险条例》第十五条规定，职工有下列情形之一的，视同工伤：

1. 在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的；
2. 在抢险救灾等维护国家利益、公共利益活动中受到伤害的；
3. 职工原在军队服役，因战、因公负伤致残，已取得革命伤残军人证，到用人单位后旧伤复发的。

如果工作时间内因自身疾病导致昏迷，且符合“在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡”这一条件，那么可以视同工伤。比如，一名工人在工作岗位上突发心脏病昏迷，送往医院抢救后，在48小时之内因病情过重死亡，这种情况就可以视同工伤，其家属可以按照工伤的相关规定享受工伤保险待遇。

法律建议

1. 及时送医并保留证据：如果员工在工作时间内因自身疾病昏迷，用人单位应第一时间将其送往医院救治，并保留好相关的医疗记录、诊断证明等证据，这些证据对于后续认定是否为工伤非常重要。
2. 申请工伤认定：用人单位应在事故伤害发生之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
3. 咨询专业律师：工伤认定和赔偿问题涉及复杂的法律程序和规定，如果对相关问题存在疑问或者遇到纠纷，建议及时向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。

希望以上解答能对你有所帮助，如果你还有其他关于劳动工伤方面的问题，欢迎随时向我提问。