结论：公司劝退未达成一致后，以违纪为由扣工资，这一行为本身并不直接等同于违法辞退，但可能构成违法解除劳动合同或违法克扣工资，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、关于违法辞退的认定
辞退的合法性：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位解除劳动合同必须符合法定情形，如员工严重违反公司规章制度、严重失职等。若公司仅以“违纪”为由，但无法提供充分证据证明员工存在严重违纪行为，或该违纪行为并未达到解除劳动合同的严重程度，则公司的辞退行为可能构成违法解除劳动合同。
劝退与辞退的区别：
- 劝退是用人单位与员工协商解除劳动合同的一种方式，若双方达成一致，则属于合法解除。若未达成一致，用人单位不得单方面以劝退为由解除劳动合同。若公司在此情况下直接以违纪为由扣工资并试图解除劳动合同，则可能构成违法。
二、关于违法克扣工资的认定
工资支付规定：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若公司以违纪为由扣工资，但无法提供合法依据或规章制度支持，则可能构成违法克扣工资。
违纪与扣工资的关联性：
- 即使员工存在违纪行为，公司扣工资也必须符合规章制度的规定，且该规章制度必须经过民主程序制定并公示。若公司扣工资的行为缺乏合法依据或规章制度支持，则员工有权要求公司补发工资并可能获得赔偿。
三、建议与行动
收集证据：
- 员工应收集与公司沟通劝退、违纪指控及扣工资的相关证据，如聊天记录、邮件、工资条等，以证明公司的行为缺乏合法依据。
与公司协商：
- 在收集到足够证据后，员工可以尝试与公司进行协商，要求公司补发工资并恢复劳动关系或支付经济补偿。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司承担违法解除劳动合同或违法克扣工资的法律责任。在申请劳动仲裁时，员工应提交相关证据以支持自己的主张。
寻求法律援助：
- 若员工对劳动仲裁结果不满或认为自己的权益受到严重侵害，可以寻求法律援助或向法院提起诉讼。
总结：公司劝退未达成一致后以违纪为由扣工资的行为，可能构成违法解除劳动合同或违法克扣工资。员工应收集证据、与公司协商、申请劳动仲裁或寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。