公司不能以员工不能胜任工作为由，通过违纪行为来扣减工资。以下是对此问题的详细分析：
一、法律原则与规定
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，与劳动者的工作表现、能力等虽有关联，但不应因劳动者不能胜任工作而直接扣减。
不能胜任工作的处理：
- 如果员工确实不能胜任工作，公司应当根据法律规定和劳动合同约定，采取培训、调整工作岗位等措施。
- 若经过培训或调整工作岗位后，员工仍不能胜任工作，公司可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同，但应依法支付经济补偿。
违纪行为的处理：
- 违纪行为与不能胜任工作是两个不同的概念。违纪行为是指员工违反公司规章制度或劳动纪律的行为。
- 对于违纪行为，公司可以根据规章制度进行处罚，但处罚方式应合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。扣减工资作为处罚方式之一，需有明确的规章制度依据，并且该规章制度需经过民主程序制定、公示或告知劳动者。
二、公司行为的合法性分析
以不能胜任工作为由扣减工资：
- 这种做法缺乏法律依据。不能胜任工作并不直接等同于违纪行为，因此不能以此为由扣减工资。
以违纪行为为由扣减工资：
- 如果公司确实有证据证明员工存在违纪行为，并且该违纪行为在规章制度中有明确的扣减工资规定，那么公司可以按照规章制度进行扣减。
- 但需要注意的是，扣减工资的幅度和方式应合理，不得超过法律法规规定的限度。
三、法律建议与风险提示
对于公司：
- 应完善规章制度，明确违纪行为的定义、处罚方式及程序。
- 在处理不能胜任工作的员工时，应依法采取培训、调整工作岗位或解除劳动合同等措施，并支付相应的经济补偿。
- 避免以不能胜任工作为由随意扣减工资，以免引发劳动争议。
对于员工：
- 应了解自己的权利和义务，遵守公司规章制度和劳动纪律。
- 如果认为公司扣减工资的行为违法或不合理，可以与公司协商解决或向劳动监察部门投诉。
- 在必要时，可以寻求法律援助或提起劳动争议仲裁/诉讼。
总结：公司不能以员工不能胜任工作为由通过违纪行为来扣减工资。如果员工存在违纪行为且规章制度中有明确规定，公司可以按照规章制度进行扣减，但需确保扣减的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。