员工因不能胜任工作被辞退时，企业一般不得随意扣工资，但需遵循法定程序支付经济补偿。以下从不同角度为你详细分析：
一、企业不得随意扣工资
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，企业不得随意克扣。若企业以员工不能胜任工作为由直接扣工资，这种做法是违法的，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业补发工资并可能获得相应的赔偿。
二、企业需支付经济补偿的情形及计算方式
当员工因不能胜任工作，且经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任的，企业可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条和第四十六条的规定，提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付一个月工资后，解除劳动合同，并需向员工支付经济补偿。
经济补偿的计算方式如下：
计算标准：经济补偿按员工在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
最高限额：如果员工的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
举例说明：
假设员工A在公司工作了5年，月工资为10000元，当地上年度职工月平均工资为8000元。由于员工A不能胜任工作，经过培训后仍不能胜任，公司决定解除劳动合同。那么，公司应向员工A支付的经济补偿为：5年×1个月工资/年=5个月工资，即50000元（不考虑其他特殊情况）。
三、企业需履行的法定程序
企业在以员工不能胜任工作为由解除劳动合同时，必须遵循以下法定程序：
认定不能胜任工作：企业必须依据明确、合理的考核标准和证据来认定员工不能胜任工作，如岗位说明书、绩效考核制度等，并保留相关书面材料。
培训与调岗：在确认员工不能胜任工作后，企业应先进行培训或调整工作岗位，且这些措施应具有合理性和针对性。
再次评估：培训或调岗后，企业需对员工进行再次评估，以确定其是否能胜任新岗位或改进后的工作。
通知与代通知金：若员工仍不能胜任工作，企业应提前三十日以书面形式通知员工或额外支付一个月工资作为代通知金，然后才能解除劳动合同。
四、特殊情况：无需支付经济补偿的情形
如果员工存在严重违反规章制度、严重失职、营私舞弊等给企业造成重大损害等法定过错情形，即使其不能胜任工作，企业也可以依法解除劳动合同且无需支付经济补偿。但这种情况需要企业有充分的证据来证明员工的过错行为。
五、违法解除的后果
若企业未按照上述法定程序操作，如未进行培训或调岗就直接辞退员工，则属于违法解除劳动合同。在这种情况下，企业需要依照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。
综上所述，员工因不能胜任工作被辞退时，企业应确保遵循法定的程序和条件，并依法支付相应的经济补偿或赔偿金。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。