结论：是否违法不能一概而论，这主要取决于劳动合同、公司规章制度或相关法律法规中对于加班的具体规定。
劳动合同或公司规章制度中的规定：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了“一个小时不算加班”，并且这一规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么从合同自治和公司自治的角度来看，这样的规定可能是有效的。但需要注意的是，即使合同或制度中有这样的规定，如果实际上员工的工作时间超出了法定工作时间，且公司未支付相应的加班费，那么公司仍然可能面临法律风险。
- 另一方面，如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定“一个小时不算加班”，或者规定的内容与国家法律法规相冲突，那么这样的规定将是无效的。在这种情况下，如果员工实际加班了一个小时，公司应当支付相应的加班费。
国家法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。如果用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 这意味着，如果员工的工作时间超出了法定工作时间，即使只有一个小时，也应当被视为加班，并且公司应当支付相应的加班费。加班费的具体计算方式通常根据员工的工资标准和加班时间来确定。
实际操作中的建议：
- 对于员工来说，如果认为自己的加班时间未得到合理补偿，可以首先与公司进行沟通协商，要求公司支付相应的加班费。
- 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于公司来说，应当严格遵守国家法律法规的规定，合理制定劳动合同和公司规章制度，确保员工的加班时间得到合理补偿。同时，公司也应当加强内部管理，避免因为加班问题而引发劳动纠纷。
举例说明：假设某员工的月工资为5000元，其日工资为5000元除以21.75天（月计薪天数），再除以8小时，得到每小时的工资标准。如果该员工在某天加班了一个小时，那么公司应当支付其该小时的加班费，具体数额根据加班费的计算方式（如1.5倍、2倍或3倍工资）来确定。
后续行动建议：如果你或你身边的人遇到了类似的问题，建议首先查阅劳动合同和公司规章制度中关于加班的规定，然后与公司进行沟通协商。如果问题无法得到解决，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。