结论前置：公司员工在工伤期间，其工资是不应该被扣除的。这一结论主要基于《工伤保险条例》的相关规定，以下从多个角度进行详细分析：

一、停工留薪期内的工资待遇

1. 工资待遇不变原则：

   • 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，其原工资福利待遇保持不变，由所在单位按月支付。这意味着，员工在工伤治疗期间，其工资待遇不应受到任何影响，单位应继续按照员工受伤前的标准发放工资。

2. 原工资福利待遇的具体内容：

   • 原工资福利待遇通常指的是职工在受伤前正常出勤时的工资及相应的福利待遇，包括基本工资、奖金、津贴等所有构成原工资的部分。在计算上，一般按照职工受伤前12个月的平均工资来确定。如果职工的工作时间不满12个月，则应根据实际工作月数来计算其平均工资。

3. 停工留薪期的时长：

   • 停工留薪期一般不超过12个月。但在某些特殊情况下，如伤情严重或情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认后，可以适当延长停工留薪期，但延长的期限也不得超过12个月。

二、停工留薪期外的处理

1. 恢复工作后：

   • 如果工伤职工在停工留薪期满后能够正常上班，那么其工资待遇应按照正常工作考勤和工资制度来获取。若因工伤导致工作能力下降，工资可能会根据协商结果或岗位调整而有所变化，但这种变化并非随意克扣，而是需要基于合理的调整和协商。

2. 未恢复工作：

   • 若工伤职工在停工留薪期满后仍不能工作，需凭医疗机构诊断证明向用人单位申请继续治疗休息。经用人单位同意后，可继续享受工伤医疗待遇，但此时的工资可能会按照病假等相关规定支付，这通常低于正常工作时的工资，但并非被扣除，而是根据病假工资的规定来支付。

三、特殊情况下的处理

• 如果工伤人员在停工留薪期内同时违反了公司其他规定（如迟到、早退等），单位可以依据相关规定对其违规行为进行处罚，如扣减相应的奖金或津贴等。但这与工伤期间的工资待遇是两个独立的问题，不得混淆处理。即，单位不能因为员工的违规行为而扣除其工伤期间的原工资福利待遇。

四、法律保障与维权建议

• 法律保障：工伤期间员工的工资待遇是受到严格法律保护的，任何单位都不得随意克扣。这是基于《工伤保险条例》的明确规定，旨在保障工伤员工的合法权益。

• 维权建议：如果单位违反规定，在员工工伤期间扣除了其工资，员工有权要求单位纠正这一错误做法，并足额支付停工留薪期的工资。如果单位拒绝改正，员工可以通过与单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。

总结与提醒：作为公司员工，在工伤期间应充分了解自己的权益，确保工资待遇不受影响。如果遇到单位克扣工资的情况，应勇敢站出来维护自己的合法权益。同时，也建议公司在处理工伤员工工资问题时，严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。