员工发生工伤后，公司应按照以下原则处理工资问题：

1. 停工留薪期内的工资待遇
   根据《工伤保险条例》第三十三条，员工因工伤需要暂停工作接受治疗的，在停工留薪期内（一般不超过12个月，特殊情况经批准可延长），公司需按原工资福利待遇按月支付，不得降低或停发。这里的“原工资”通常指工伤前12个月的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴等固定收入。若员工实际工作不满12个月，则按实际工作月数的平均工资计算。

2. 停工留薪期满后的处理

   • 若员工经劳动能力鉴定后仍需治疗或无法工作，公司需根据鉴定结果调整待遇：
     
     • 1-4级伤残：员工退出工作岗位，公司无需支付工资，但需按月缴纳工伤保险基金支付的伤残津贴（一级为本人工资的90%，二级85%，三级80%，四级75%）。
       
     • 5-6级伤残：公司难以安排工作的，需按月支付伤残津贴（五级为本人工资的70%，六级60%），并缴纳社保直至退休。
       
     • 7-10级伤残：员工可解除劳动合同，公司需支付一次性伤残就业补助金（具体标准由地方政府规定），但停工留薪期满后至劳动合同解除前的工资仍需按原标准支付。
       
   • 若员工停工留薪期满后能恢复工作，公司应安排原岗位或适当岗位，工资待遇不得低于原水平。

3. 特殊情况处理

   • 未及时申请工伤认定：若公司未在30日内为员工申请工伤认定，员工自行申请后，停工留薪期内的工资仍由公司承担。
     
   • 第三方责任导致工伤：如交通事故等，员工可同时获得民事赔偿和工伤待遇，但医疗费用不得重复报销。公司仍需支付停工留薪期工资。
     
   • 未参保员工的处理：若公司未缴纳工伤保险，所有工伤待遇（包括停工留薪期工资、伤残补助等）均由公司全额承担。

建议行动步骤：

1. 立即送医并保存医疗记录；
   
2. 30日内向社保部门申请工伤认定；
   
3. 根据医嘱确定停工留薪期时长；
   
4. 定期与员工沟通康复情况，避免争议；
   
5. 若涉及伤残等级鉴定，及时配合劳动能力鉴定委员会工作。
   

如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我说明情况，我会结合地方规定为您提供更精准的建议。