结论：在工伤认定后，单位通常不应扣发员工的工资，这是由《工伤保险条例》明确规定的。不过，具体是否扣除需结合实际情况判断，以下从不同角度为你详细分析：
一、法律规定基础
根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这一规定确保了工伤职工在医疗期间的经济保障，单位不得随意扣减工资。
二、“原工资福利待遇不变”的具体解释
“原工资福利待遇”通常包括职工工伤前正常工作时所享受的基本工资、奖金、津贴、补贴等各类劳动报酬，但不包含加班工资等不固定部分。工资的计算一般按照职工工伤前12个月的平均工资进行，若工作不满12个月，则按实际工作月数的平均工资计算。
三、不同情况下的工资发放
- 停工留薪期内
- 单位应继续按原标准发放工资，包括基本工资和奖金（如果奖金是工资的一部分且按常规发放）。除非能证明该奖金与特定工作成果直接挂钩且员工确实未完成对应任务，但这种情况较为少见，且单位需要承担举证责任。
- 例如，小李在工伤前每月有固定绩效奖金500元，在停工留薪期内，单位应继续发放这500元奖金，除非单位能证明小李因工伤未完成与该奖金对应的工作任务。
- 恢复工作后
- 若员工因工伤导致工作能力下降，单位应根据实际情况调整绩效考核标准，而非直接扣减工资。例如可设置过渡期考核指标或提供适应性岗位。
- 比如，小张工伤恢复后，无法从事原来的高强度工作，单位可以为他安排相对轻松的岗位，并根据新岗位的工作内容和要求制定合理的绩效考核标准，而不是直接降低他的工资。
- 特殊工资类型
- 年终奖、项目奖等非常规工资的发放需结合单位制度判断。若发放条件明确包含“全年全勤”等要求，单位应在规章制度中提前说明工伤情形的处理方式。
- 例如，某单位规定年终奖发放条件为全年全勤，若员工在工伤停工留薪期内，单位应在规章制度中明确这种情况下年终奖的发放标准，比如按照实际工作月份比例发放等。
四、特殊情况下的工资变动
在极少数情况下，若职工因工伤不能正常工作给单位造成直接经济损失，且单位有明确合法的规章制度规定可适当扣减费用，该扣减需有合理限度，并需严格审查规章制度的合法性与合理性。但这种情况需要满足多个条件，实践中较为少见。
五、维权途径
若单位违规扣发工资，员工可通过以下途径维护自身权益：
- 首先应与单位协商解决，向单位说明相关法律规定，要求单位按照规定发放工资。
- 协商不成时，可向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对单位进行调查和处理。
- 也可以申请劳动仲裁，以法律手段维护自身权益。在申请劳动仲裁时，需注意收集工资条、考核制度、工伤认定书等证据材料。
如果你在工伤认定和工资发放方面还有其他问题，可以直接向我咨询。