工伤期间，员工的工资是不应被扣除的。这一结论基于《工伤保险条例》的明确规定，以下是对此问题的详细分析：
一、停工留薪期内的工资待遇
工资待遇不变原则：
- 根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，其原工资福利待遇应保持不变，并由所在单位按月支付。这意味着，员工在工伤治疗期间，其工资待遇不应受到任何影响，单位应继续按照员工受伤前的标准发放工资。
停工留薪期的确定与延长：
- 停工留薪期一般不超过12个月。若伤情严重或情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长期限同样不得超过12个月。
- 工伤职工评定伤残等级后，将停发原待遇，转而享受伤残待遇。若停工留薪期满后仍需治疗，则继续享受工伤医疗待遇。
原工资福利待遇的具体内容：
- 原工资福利待遇通常指的是职工在受伤前正常出勤时的工资及相应的福利待遇，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等（不含加班费）。
- 具体标准可能因地区而异，有的地区以工伤前12个月平均月缴费工资为准，有的地区则以正常出勤时应享受的工资福利待遇为准。
二、停工留薪期外的情况处理
恢复工作后：
- 工伤职工停工留薪期满恢复工作的，应按照正常工作考勤和工资制度获取工资。
- 若因工伤导致工作能力下降，工资可能会根据协商结果或岗位调整而有所变化，但这种变化并非随意克扣，而是基于工作能力的合理调整。
未恢复工作：
- 若工伤职工在停工留薪期满后仍不能工作，需凭医疗机构诊断证明向用人单位申请继续治疗休息。
- 经用人单位同意后，可继续享受工伤医疗待遇，但工资可能会按照病假等相关规定支付，这通常低于正常工作时的工资，但并非被扣除，而是基于病假工资的支付规定。
三、特殊情况下的处理
- 如果工伤人员在停工留薪期内同时违反了公司其他规定（如迟到、早退），单位可以依据相关规定对其违规行为进行处罚。但这与工伤期间的工资待遇是两个独立的问题，不得混淆处理。即，单位不能因员工违反其他规定而扣除其工伤期间的工资。
四、权益保障途径
- 若用人单位在工伤人员停工留薪期内克扣工资，工伤人员首先应与用人单位协商解决。
- 协商不成的，可向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：
工伤期间，员工的工资是不应被扣除的，这是由《工伤保险条例》明确规定的。单位应严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到充分保障。如果单位违反规定扣除了工伤员工的工资，员工有权要求单位纠正这一错误做法，并足额支付停工留薪期的工资。如果单位拒绝改正，员工可以通过与单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
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