结论：绩效考核通过邮件告知并扣除对应绩效是否合规，需结合具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及绩效考核的合理性等因素。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 公司规章制度是公司管理员工的重要依据，但必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示或告知员工。若公司规章制度中明确规定了绩效考核的方式、标准以及扣减绩效的条件，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度扣除绩效是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了绩效考核的方式、标准以及扣减绩效的条件，并且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同约定扣除绩效也是合法的。
二、绩效考核的合理性
考核标准明确性：
- 绩效考核标准应当明确、具体、可衡量，以便员工能够清楚了解自己的工作表现和绩效得分。若考核标准模糊、主观或存在歧义，可能导致员工对考核结果产生异议，进而引发劳动争议。
考核过程公正性：
- 绩效考核过程应当公正、透明，确保每位员工都能得到公平的评价。若考核过程存在偏见、歧视或不公正行为，将损害员工的合法权益，也可能导致公司面临法律风险。
考核结果反馈与沟通：
- 公司应当及时向员工反馈绩效考核结果，并与员工进行沟通，解释考核得分的依据和原因。若公司仅通过邮件告知考核结果并扣除绩效，而未与员工进行充分沟通，可能导致员工对考核结果的不满和误解。
三、邮件告知的效力
书面形式要求：
- 虽然邮件可以作为一种书面形式进行沟通，但在劳动法律关系中，对于涉及员工切身利益的重要事项，如绩效考核结果、工资调整等，最好采用更为正式、规范的书面形式进行告知，并要求员工签字确认。
送达与确认：
- 公司应当确保邮件能够准确送达员工，并保留好送达的证据。同时，可以要求员工在收到邮件后进行回复确认，以证明员工已经知晓并同意考核结果和绩效扣减。
四、建议与措施
审查规章制度与劳动合同：
- 公司应当审查自身的规章制度和劳动合同，确保其中关于绩效考核的规定合法、合规且明确具体。
完善绩效考核流程：
- 公司应当建立完善的绩效考核流程，包括考核标准的制定、考核过程的实施、考核结果的反馈与沟通等环节，确保绩效考核的公正性和透明度。
加强员工沟通与培训：
- 公司应当加强与员工的沟通与培训，让员工了解绩效考核的目的、标准和流程，提高员工对绩效考核的认同感和参与度。
保留相关证据：
- 公司应当保留好与绩效考核相关的所有证据，如考核标准、考核记录、邮件通知等，以备在发生劳动争议时作为证据使用。
总结：绩效考核通过邮件告知并扣除对应绩效是否合规，需结合公司规章制度、劳动合同约定以及绩效考核的合理性等因素进行综合判断。若公司能够确保规章制度合法、劳动合同约定明确、绩效考核合理且邮件告知有效，那么扣除对应绩效是合法的。否则，公司可能面临法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。