结论：关于棋牌室委托他人运营，对方仅拿净利润的百分之四十而不拿工资是否合理的问题，这主要取决于双方之间的约定以及该约定是否符合相关法律法规的规定。从法律角度来看，这种安排本身并不直接违反法律强制性规定，但关键在于双方是否对此有明确的、合法的约定，并且这种约定是否公平合理。
分析角度一：合同自由原则
合同内容：根据合同自由原则，双方有权在平等、自愿的基础上，就棋牌室的运营方式、利润分配等事项进行约定。如果双方明确约定，运营方不拿固定工资，而是按照净利润的百分之四十进行分成，且这一约定是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有违背公序良俗，那么这种约定是有效的。
公平性考量：然而，合同自由并不意味着可以随意约定而不受任何限制。在约定利润分配方式时，双方应充分考虑各自的投入、风险承担以及市场情况等因素，确保约定公平合理。如果一方利用优势地位或对方缺乏经验等情形，约定明显不公平的利润分配方式，那么受损方有权请求法院或仲裁机构予以变更或撤销。
分析角度二：劳动法相关规定
劳动关系认定：如果运营方与棋牌室之间构成劳动关系，那么根据劳动法的规定，运营方有权获得劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴等。在这种情况下，仅约定按照净利润的百分之四十进行分成而不支付固定工资，可能违反劳动法的相关规定。
劳务关系与劳动关系的区别：如果双方之间构成的是劳务关系而非劳动关系，那么劳动法的相关规定可能不适用。在劳务关系中，双方可以根据约定来确定报酬的支付方式和标准。但即便如此，双方也应确保约定公平合理，避免一方利用优势地位损害另一方的利益。
建议：
明确约定：为了避免未来可能出现的纠纷，建议双方在签订合同时，明确约定运营方式、利润分配方式、双方的权利义务等事项，并确保约定合法、公平、合理。
咨询专业人士：在签订合同前，双方可以咨询律师或相关领域的专业人士，以确保合同的合法性和有效性。
保留证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留相关证据，如合同文本、交易记录、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
可能后果：
如果双方没有明确的约定或者约定违反法律法规的规定，那么在未来可能面临合同无效、利润分配纠纷等法律后果。因此，建议双方在签订合同时务必谨慎对待，确保约定合法、公平、合理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。