结论：对方冻结一万二是否合法，不能仅凭法院判决三千这一信息直接判断，需要结合冻结的具体原因、程序以及相关法律规定来综合分析。以下从不同角度为你详细分析：
一、冻结金额与判决金额的关系
冻结目的与范围：
- 冻结通常是为了确保判决的执行，防止被执行人转移财产。冻结的金额一般应与判决金额相当或略高，以覆盖可能的执行费用和利息等。
- 如果冻结的金额明显超过判决金额，且没有合理的解释或依据，那么这种冻结行为可能存在问题。
超额冻结的合法性：
- 根据相关法律规定，冻结财产应当限于请求的范围，或者与本案有关的财物。如果冻结的金额超出了判决金额，且没有法律上的正当理由，被执行人有权提出异议。
- 在实践中，如果冻结的金额确实超出了判决金额，法院在审查后可能会裁定解除超额部分的冻结。
二、冻结程序与合法性
冻结程序：
- 冻结财产通常需要经过法院的裁定，并由执行机构执行。冻结前，法院应当审查申请人的申请是否合法、是否有足够的证据支持等。
- 如果冻结程序存在瑕疵，如未经合法裁定、未通知被执行人等，那么冻结行为可能不合法。
被执行人的权利：
- 被执行人在接到冻结通知后，有权向法院提出异议，要求解除不合理的冻结。
- 如果被执行人认为冻结行为侵犯了其合法权益，还可以通过法律途径寻求救济，如提起执行异议之诉等。
三、具体情境下的分析
如果冻结是为了覆盖判决金额及执行费用：
- 如果法院判决三千，但考虑到执行费用、利息等因素，冻结一万二可能是为了确保判决能够得到全面执行。在这种情况下，如果冻结程序合法，且冻结金额在合理范围内，那么这种冻结行为可能是合法的。
如果冻结金额明显超出合理范围：
- 如果冻结一万二明显超出了判决金额及可能的执行费用、利息等，且没有合理的解释或依据，那么这种冻结行为可能不合法。被执行人有权向法院提出异议，要求解除超额部分的冻结。
四、建议与行动
核实冻结原因和程序：
- 首先，你需要核实冻结的具体原因和程序。了解冻结是基于什么法律文书、由哪个法院执行的、冻结的金额是如何确定的等。
提出异议或寻求法律救济：
- 如果你认为冻结行为不合法或冻结金额不合理，可以向执行法院提出异议，要求解除不合理的冻结。
- 如果异议被驳回或你对异议结果不满意，还可以考虑通过法律途径寻求救济，如提起执行异议之诉等。
咨询专业律师：
- 在处理这类法律问题时，建议你咨询专业律师的意见。律师可以根据你的具体情况和当地法律规定，为你提供更具体、更专业的法律建议。
最后，冻结行为是否合法需要结合具体情况和相关法律规定来综合判断。如果你对冻结行为有疑问或认为其侵犯了你的合法权益，建议及时咨询专业律师并采取相应的法律措施。