结论：在雇员因交通事故负全责的情况下，公司能否就损失向雇员进行追偿，需根据具体情况判断，主要包括是否存在法定或约定的追偿权情形。以下从不同角度详细分析：
法定追偿权情形：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。用人单位承担侵权责任后，可以向有故意或者重大过失的工作人员追偿。
- 分析：若雇员在执行工作任务过程中发生交通事故，且被认定为全责，这通常意味着雇员存在过错。但根据法律规定，公司需先对外承担侵权责任，之后才有权向有故意或重大过失的雇员追偿。若雇员仅为一般过失，公司则无权追偿。
- 例子：假设雇员在送货途中因超速行驶导致交通事故，且被认定为全责。若超速行驶被认定为重大过失，公司承担赔偿责任后，有权向该雇员追偿。
约定追偿权情形：
- 法律依据：若公司与雇员之间有明确的劳动合同或内部规章制度，约定了雇员在因自身过错导致公司损失时应承担赔偿责任，则公司有权依据该约定向雇员追偿。
- 分析：这种约定通常作为公司管理的一种手段，旨在增强雇员的责任心，减少因雇员过错导致的损失。但约定的内容需合法合理，不得违反法律法规的强制性规定，也不得显失公平。
- 例子：公司与驾驶员签订的劳动合同中约定，若驾驶员因自身过错导致交通事故，且公司因此承担赔偿责任的，驾驶员需承担公司损失的20%。在此情况下，公司有权依据该约定向驾驶员追偿。
实际操作中的注意事项：
- 证据收集：公司在主张追偿权时，需提供充分的证据证明雇员存在过错，且该过错与公司的损失之间存在因果关系。这通常包括交通事故认定书、公司损失的相关证据等。
- 追偿范围：即使公司有权追偿，追偿的范围也应合理。通常，公司不能要求雇员承担全部损失，而是应根据雇员的过错程度、公司的管理责任等因素综合确定。
- 协商与诉讼：在追偿过程中，公司应首先尝试与雇员协商解决。若协商不成，公司可通过诉讼途径维护自身权益。但诉讼过程可能耗时较长，且结果存在不确定性，因此公司需谨慎考虑。
建议：公司在处理此类问题时，应首先明确是否存在法定或约定的追偿权情形。若存在，公司应收集充分证据，并合理确定追偿范围。在追偿过程中，公司应保持与雇员的沟通，尽量通过协商解决争议。若协商不成，公司可寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。