受害者确实有权在司机作为员工赔偿后，继续追究雇主的赔偿责任。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据与原理
雇主责任原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。这意味着，如果司机是在执行工作任务时发生交通事故并造成损害，雇主（即用人单位）应当承担相应的赔偿责任。
不免除司机责任的情况：
- 尽管雇主需要承担赔偿责任，但这并不免除司机个人的法律责任。如果司机存在故意或重大过失，雇主在承担赔偿责任后，有权向司机追偿。然而，这一内部追偿关系并不影响受害者向雇主主张赔偿的权利。
受害者的选择权：
- 受害者在遭受交通事故损害后，有权选择向司机或雇主中的一方或双方主张赔偿。如果受害者已经从司机处获得了部分或全部赔偿，这并不妨碍其继续向雇主主张剩余的赔偿责任。当然，受害者最终获得的赔偿总额不应超过其实际遭受的损失。
实际操作中的考虑
赔偿顺序与份额：
- 在实际操作中，受害者可能会根据具体情况选择先向司机或雇主主张赔偿。如果司机已经承担了部分赔偿责任，雇主在承担剩余赔偿责任时，应扣除司机已经赔偿的部分。但这一原则并不绝对，具体还需根据案件事实和法律规定进行判断。
雇主与司机的内部关系：
- 雇主与司机之间的内部关系（如劳动合同、雇佣关系等）可能涉及赔偿责任的分配和追偿问题。然而，这些内部关系并不影响受害者向雇主主张赔偿的外部权利。雇主在承担赔偿责任后，可以根据内部关系向司机追偿，但这与受害者无关。
证据收集与诉讼策略：
- 受害者在主张赔偿时，应充分收集证据以证明其损失和司机、雇主的过错。同时，受害者还应根据案件具体情况制定合理的诉讼策略，以最大化其赔偿利益。例如，如果司机经济能力有限而雇主经济实力较强，受害者可能会选择优先向雇主主张赔偿。
可能的法律后果
- 如果雇主被认定需要承担赔偿责任，但拒绝履行赔偿义务，受害者可以通过法律途径（如起诉、申请强制执行等）来维护自己的合法权益。
- 如果司机和雇主之间存在争议或纠纷（如赔偿份额、追偿问题等），这并不影响受害者向雇主主张赔偿的权利。雇主和司机之间的内部纠纷应另行解决。
总结与建议：受害者在交通肇事事故中遭受损害后，有权在司机作为员工赔偿后继续追究雇主的赔偿责任。为了最大化自己的赔偿利益，受害者应充分收集证据、了解法律规定，并根据案件具体情况制定合理的诉讼策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。