结论：雇员在工作过程中遇到交通事故，在肇事方已经进行赔偿后，雇主责任险是否应赔付，这主要取决于保险合同的具体条款以及相关法律法规的规定。一般来说，如果保险合同中未明确排除肇事方赔偿后的赔付责任，且符合保险赔付的其他条件，雇主责任险仍有可能进行赔付。
详细分析：
保险合同条款：
- 雇主责任险的赔付范围通常包括雇员在工作过程中因意外事故导致的人身伤害或死亡，以及由此产生的医疗费用、误工费等。
- 关键在于保险合同中是否明确规定了“在雇员获得其他赔偿（如肇事方赔偿）后，保险公司是否仍需承担赔付责任”。如果合同中有此类排除条款，则保险公司可能不承担赔付责任；如果没有，则保险公司通常需要赔付。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国保险法》的相关规定，保险合同是投保人与保险人约定保险权利义务关系的协议。保险合同的解释应当遵循公平原则，并符合社会公共利益。
- 在雇员因工作遭受交通事故的情况下，如果肇事方已经进行了赔偿，但这并不影响雇员根据保险合同向保险公司主张赔付的权利，除非保险合同中有明确的排除条款。
实际操作中的考虑：
- 即使保险合同中没有明确排除肇事方赔偿后的赔付责任，保险公司在实际赔付时也可能会考虑“重复赔偿”的问题。为了避免这种情况，保险公司可能会要求雇员提供肇事方赔偿的相关证明，并在赔付时扣除已经获得的赔偿部分。
- 另外，如果雇员的损失已经通过肇事方赔偿得到了完全弥补，那么保险公司可能会根据“损失补偿原则”拒绝进一步的赔付。但这一原则的应用也取决于保险合同的具体条款和保险公司的赔付政策。
建议：
- 查阅保险合同：首先，建议仔细查阅雇主责任险的保险合同，特别是关于赔付范围和排除条款的部分，以明确保险公司是否承担在肇事方赔偿后的赔付责任。
- 与保险公司沟通：如果保险合同中的条款不够明确或存在争议，建议与保险公司进行沟通，了解其赔付政策和具体操作流程。
- 寻求法律帮助：如果与保险公司的沟通无法达成一致，或者认为保险公司的赔付决定不合理，可以寻求专业的法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
后续行动：
- 如果您或您的雇员遇到了类似的情况，并且需要进一步的法律咨询或帮助，请随时向我提问。我会根据您的具体情况，提供更详细和专业的法律建议。