当用人单位违法辞退入职不满三个月的员工时，赔偿问题主要依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定来处理。以下是对此问题的详细解答：
一、违法辞退的赔偿原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。这是处理违法辞退问题的基本原则。
二、经济补偿标准的确定
工作年限计算：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算。
- 每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
月工资定义：
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
- 对于入职仅三个月的员工，由于工作时间较短，通常以实际发放的工资为准来计算月平均工资。
三、具体赔偿金额的计算（以入职三个月为例）
经济补偿金额：
- 由于工作不满六个月，根据规定，应支付半个月工资作为经济补偿。
- 假设月工资为X元，则经济补偿金额为0.5X元。
赔偿金金额：
- 根据法律规定，违法辞退的赔偿金是经济补偿标准的两倍。
- 因此，赔偿金金额为2 * 0.5X = X元，即一个月的工资。
四、特殊情况的考虑
月工资高于当地职工月平均工资三倍的情况：
- 如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，那么支付经济补偿的标准将按照职工月平均工资三倍的数额进行计算。
- 但在此问题中，由于员工仅工作了三个月，且未提及月工资超过当地职工月平均工资三倍的情况，因此不受此限制。
协商与仲裁：
- 如果用人单位拒绝支付赔偿金，劳动者可以与用人单位进行协商，尝试达成和解。
- 若协商不成，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
五、其他注意事项
- 在处理违法辞退问题时，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、辞退通知等，以便在协商或仲裁过程中证明自己的权益。
- 如果用人单位的辞退行为同时涉及其他违法行为，如未签订书面劳动合同、未支付加班费等，劳动者可以一并主张相关权益。
综上所述，当用人单位违法辞退入职不满三个月的员工时，应支付一个月的工资作为赔偿金。如果用人单位拒绝支付或双方存在争议，劳动者可以通过协商或仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。