职工与单位就补交社保私下达成协议后反悔起诉至法院，协议的效力需分情况讨论：

1. 协议内容合法且双方自愿达成
   若协议内容符合《社会保险法》《劳动合同法》等法律法规的强制性规定（如补缴基数、期限等），且双方在签订时意思表示真实、未受欺诈或胁迫，则协议具有法律效力。此时，职工反悔起诉要求推翻协议的，法院通常不会支持，除非职工能证明存在法定无效或可撤销情形（如重大误解、显失公平等）。

2. 协议内容违反法律强制性规定
   若协议约定免除单位法定社保缴纳义务（如以现金补贴代替社保、降低补缴基数等），或存在其他违反法律、行政法规强制性规定的条款，则该部分内容无效。此时，职工起诉要求单位按法定标准补缴社保的，法院会支持其合法诉求，并可能对单位处以行政处罚。

3. 协议存在可撤销情形
   若职工能证明签订协议时存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，或协议显失公平（如单位利用优势地位迫使职工接受极低补缴标准），则可在法定期限内（通常为1年）向法院申请撤销协议。撤销后，协议自始无效，单位需按法定标准补缴社保。

4. 程序瑕疵影响协议效力
   若协议未以书面形式签订、未明确补缴具体金额或期限，或未经过社保部门审核备案（如涉及跨地区补缴），可能导致协议因内容不明确或程序违法而部分无效或可撤销。此时，法院会结合具体证据判断协议实际履行情况，并可能要求单位重新按法定标准补缴。

实务建议：

• 对职工而言，签订协议前应核实单位是否已按法定标准计算补缴金额，避免接受明显低于法定标准的方案；若已签订协议，需在法定期限内收集证据（如录音、聊天记录等）证明存在可撤销情形。
  
• 对单位而言，应避免通过私下协议逃避法定社保义务，否则可能面临行政处罚（如滞纳金、罚款）及职工后续诉讼风险；若需协商补缴，建议通过社保部门调解或签订经备案的书面协议。
  

如有具体协议文本或案件细节，可进一步向我提供，我将结合证据材料分析协议效力及诉讼风险。