结论：公司给患恶性肿瘤且已请两年病假的职工记事假，这一做法通常是不合理的，但具体还需结合职工的医疗期、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。
一、医疗期的相关规定
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。对于患特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等）的职工，在24个月内尚不能痊愈的，经企业和劳动主管部门批准，可以适当延长医疗期。
医疗期内的权益：在医疗期内，职工享有病假工资或疾病救济费，且用人单位不得解除劳动合同。如果公司直接将职工的病假记为事假，可能剥夺了职工在医疗期内应享有的权益，如病假工资、医疗待遇等。
医疗期满后的处理：医疗期满后，如果职工仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知职工本人或者额外支付职工一个月工资后，解除劳动合同。但在此之前，公司应确保职工已享受完法定的医疗期。
二、公司规章制度与劳动合同
公司规章制度：公司内部的规章制度应符合国家法律法规的规定。如果公司规章制度中明确规定了病假的计算方式和待遇，且该规定不违反国家法律法规，那么公司应按照规章制度执行。但如果规章制度与国家法律法规相冲突，则应以国家法律法规为准。
劳动合同：劳动合同是职工与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了病假的待遇和计算方式，公司应按照劳动合同执行。如果公司未经职工同意擅自改变病假计算方式，可能构成违约。
三、法律建议
核实医疗期：首先，职工应核实自己的医疗期是否已满。如果医疗期未满，公司无权将病假记为事假。
审查公司规章制度和劳动合同：职工应仔细审查公司的规章制度和劳动合同，了解病假的计算方式和待遇。如果发现公司规章制度或劳动合同中存在违法或不合理之处，应及时与公司沟通或寻求法律援助。
与公司协商：如果职工认为公司的做法不合理，可以尝试与公司进行协商，寻求合理的解决方案。例如，要求公司按照病假待遇支付工资或提供其他形式的补偿。
寻求法律援助：如果协商无果，职工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
如果公司未经职工同意擅自将病假记为事假，且未按照病假待遇支付工资或提供其他形式的补偿，可能面临以下法律后果：
支付病假工资和赔偿金：公司可能需要向职工支付病假期间的工资差额以及因违法解除劳动合同而应支付的赔偿金。
行政处罚：劳动监察部门可能对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
声誉损失：公司的违法行为可能对其声誉造成负面影响，影响其在市场上的竞争力。
最后，如果职工遇到类似情况，建议及时咨询专业律师（即我本人，张诗唯律师，专注于交通事故、劳动纠纷领域），以便更好地维护自己的合法权益。