员工患恶性肿瘤，公司只给三个月病假是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、医疗期的确定

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长短根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定，具体如下：

• 实际工作年限十年以下的，本单位工作年限五年以下为三个月；五年以上为六个月。
• 实际工作年限十年以上的，本单位工作年限五年以下为六个月；五年以上十年以下为九个月；十年以上十五年以下为十二个月；十五年以上二十年以下为十八个月；二十年以上为二十四个月。

举例说明：

• 若员工实际工作年限为8年，在现单位工作3年，则医疗期为3个月。
• 若员工实际工作年限为12年，在现单位工作6年，则医疗期为9个月。

二、恶性肿瘤患者的特殊情况

对于恶性肿瘤等特殊疾病患者，若在24个月内未能痊愈，经企业和劳动主管部门批准，可以适当延长医疗期。这意味着，如果员工患恶性肿瘤且病情严重，三个月的病假可能并不足够，员工有权申请延长医疗期。

三、病假工资或疾病救济费

在医疗期内，企业应支付病假工资或疾病救济费，该费用可低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。具体支付比例可能由地方政策进一步细化。

四、公司政策的考量

虽然法律法规对医疗期和病假工资有明确规定，但不同公司可能有不同的病假政策，包括病假的上限、累计方式等。这些政策通常会在员工的劳动合同或公司的规章制度中明确规定。因此，员工在申请病假时，也应参考公司的具体政策。

五、法律建议

1. 与公司协商：如果员工认为公司给予的病假期限过短，可以首先尝试与公司协商，说明病情和需要延长病假的原因，争取公司的理解和支持。
2. 了解法律法规：员工应了解自己的医疗期权益和病假工资待遇，确保公司没有违反相关法律法规。
3. 申请劳动能力鉴定：如果医疗期满后，员工仍不能从事原工作或另行安排的工作，可以申请劳动能力鉴定，以确定自己的劳动能力状况和后续处理方式。
4. 维权途径：如果公司违反法律法规或劳动合同约定，员工可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。

总结来说，员工患恶性肿瘤公司只给三个月病假是否合法，需根据员工的实际工作年限、在本单位的工作年限以及病情严重程度来判断。如果员工认为公司给予的病假期限过短或病假工资待遇不合理，可以通过与公司协商、了解法律法规、申请劳动能力鉴定或维权途径等方式来维护自己的合法权益。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。