结论：恶性肿瘤请假6个月结束后，单位能否辞退员工，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 医疗期内的保护：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，单位不得解除劳动合同。
   • 若员工恶性肿瘤请假6个月仍在医疗期内，单位无权辞退员工。若单位违法解除，员工有权要求继续履行劳动合同或要求单位支付赔偿金。

2. 医疗期满后的处理：

   • 医疗期满后，若员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。但需注意，单位需支付经济补偿金，且应按照员工在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。
   • 若医疗期满后，员工能够从事原工作或另行安排的工作，单位则无权辞退员工。若单位强行解除，则构成违法解除，员工同样有权要求继续履行劳动合同或要求单位支付赔偿金。

3. 特殊情况下的保护：

   • 若员工被认定为工伤（如因工作原因导致的恶性肿瘤），则享受工伤保险待遇，且在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。在停工留薪期内，单位不得解除劳动合同。
   • 若员工恶性肿瘤被认定为职业病，同样享受工伤保险待遇，且单位在员工治疗期间不得解除劳动合同。

建议：

• 员工应保留好医疗证明、请假条等相关证据，以便在需要时证明自己的医疗期和病情。
• 若单位在医疗期内或医疗期满后违法解除劳动合同，员工应及时向劳动仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议员工咨询专业律师，以便更准确地了解自己的权益和维权途径。

可能后果：

• 若单位合法解除劳动合同，员工将获得经济补偿金，但失去工作。
• 若单位违法解除劳动合同，员工有权要求继续履行劳动合同或要求单位支付赔偿金，且可能获得更高的经济补偿。

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