核心结论：虚开发票实际控制人已去世的情况下，处理方式需结合刑事责任、民事责任及行政责任综合判断，具体需分情况处理。以下是详细分析：

1. 刑事责任层面：责任终止，但案件可能继续调查

• 根据《刑法》规定，刑事责任以自然人或单位为主体，实际控制人去世后，其刑事责任自然终止，无法再追究其刑事责任。
• 但案件调查不会因此终止，公安机关或税务机关仍会继续调查虚开发票的违法事实，包括其他涉案人员（如财务人员、经办人等）的责任。若存在共犯或单位犯罪，其他责任人仍可能被追究刑事责任。
• 建议：若您是涉案单位或相关人员，应积极配合调查，提供证据证明自身无主观故意或未参与虚开发票行为，避免被牵连。

2. 民事责任层面：遗产可能被追偿，但需以遗产为限

• 若虚开发票行为导致国家税款损失或其他民事赔偿（如合同相对方索赔），实际控制人的遗产可能被用于清偿债务。
• 根据《民法典》第1161条，继承人以所得遗产实际价值为限清偿被继承人依法应当缴纳的税款和债务。超过遗产实际价值部分，继承人无义务清偿（除非自愿）。
• 建议：若您是继承人，应先梳理遗产范围，并评估债务金额。若债务超过遗产价值，可明确表示放弃继承或仅以遗产为限承担责任，避免个人财产被牵连。

3. 行政责任层面：单位仍可能被处罚，但实际控制人责任免除

• 税务机关对虚开发票行为的行政处罚（如罚款、没收违法所得）通常针对单位或直接责任人。若实际控制人去世，其个人行政责任终止，但单位仍可能被处罚。
• 若单位已注销或无法承担责任，税务机关可能无法执行处罚，但会记录在案，影响相关人员的信用记录。
• 建议：若您是涉案单位负责人，应主动与税务机关沟通，说明实际控制人去世情况，并配合整改（如补缴税款、接受处罚），以减少行政风险。

4. 特殊情况：实际控制人是否“真正去世”需核实

• 实践中存在“假死亡”逃避责任的情况。若怀疑实际控制人通过伪造死亡证明等方式逃避处罚，可向公安机关报案，要求核实死亡真实性。
• 若证实死亡证明虚假，刑事责任将重新启动，且可能涉及伪造证件等新罪名。
• 建议：若您掌握相关线索，应及时向调查机关提供，协助查清事实。

总结与行动建议

1. 刑事方面：配合调查，证明自身无责；若为共犯，尽早自首或争取从宽处理。
2. 民事方面：继承人梳理遗产与债务，明确清偿范围；非继承人无需承担个人责任。
3. 行政方面：单位主动整改，接受处罚，避免信用受损。
4. 特殊情况：核实死亡真实性，防止逃避责任。

提示：虚开发票案件通常涉及复杂法律关系，建议根据具体角色（如继承人、单位负责人、员工等）进一步梳理事实，制定应对策略。如有疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方案。