核心结论：虚开运输发票人员死亡后，案件处理需分情况讨论，主要涉及刑事责任与民事责任的区分，以及案件后续程序的调整。以下是具体分析：

1. 刑事责任层面：案件终止，但可能影响共犯或单位责任
   根据《刑事诉讼法》第十六条，犯罪嫌疑人、被告人死亡的，不再追究刑事责任。若虚开运输发票的行为仅涉及已故人员个人，案件将直接终止；但若存在共犯（如共同策划、实施虚开行为的其他人员），或案件涉及单位犯罪（如公司集体决策虚开发票），则其他责任人仍需承担刑事责任。
   建议：若您是共犯或相关方，需主动配合调查，避免因隐瞒信息被追究包庇等责任。

2. 民事责任层面：遗产可能被追缴，但需以遗产为限
   虚开发票行为可能涉及偷逃税款、罚款等民事责任。根据《民法典》第一千一百六十一条，继承人以所得遗产实际价值为限清偿被继承人依法应当缴纳的税款和债务。若已故人员留有遗产（如房产、存款等），税务机关或相关方可能申请从遗产中追缴税款、罚款；若遗产不足，超出部分不再追缴。
   示例：若已故人员虚开发票导致需补缴税款100万元，但其遗产仅50万元，则最多追缴50万元，剩余50万元无需继承人承担。

3. 行政责任层面：案件可能中止，但需配合调查
   若案件处于税务稽查或行政处罚阶段，已故人员的死亡可能导致行政程序中止，但税务机关可能要求相关方（如共犯、单位）继续配合调查，提供账目、合同等证据。若拒绝配合，可能面临行政处罚（如罚款、限制经营等）。
   注意：行政责任与刑事责任不同，即使刑事案件终止，行政调查仍可能继续。

总结建议：

• 若您是已故人员的家属，需整理其遗产情况，配合税务机关或司法机关的调查，避免因隐瞒遗产被追究责任；
  
• 若您是共犯或相关方，建议主动说明情况，争取从轻处理；
  
• 若案件涉及单位责任，需及时整改，避免单位被追究刑事或行政责任。
  

如有具体细节（如虚开发票金额、是否涉及共犯等），可进一步向我说明，我会为您详细分析。