在虚开发票的经济犯罪案件中，若查到时涉案嫌疑人已去世，处理方式需结合法律程序与实体规定综合判断，具体如下：

1. 刑事程序终止，但案件影响不必然消除
   根据《刑事诉讼法》第16条，犯罪嫌疑人、被告人死亡的，刑事诉讼程序终止，不再追究其刑事责任。这意味着：
   

• 公安机关不会继续对已故嫌疑人采取强制措施（如拘留、逮捕）；
  
• 检察院不会提起公诉，法院也不会进行刑事审判；
  
• 若案件已进入审判阶段，法院会裁定终止审理。
  

但需注意：刑事程序终止仅针对已故嫌疑人本人，若案件涉及其他共犯（如共同虚开发票的同伙），其他嫌疑人的刑事责任仍会继续追究。

1. 民事责任可能通过遗产承担
   虚开发票行为可能涉及国家税款损失（如骗取出口退税、抵扣税款），若已故嫌疑人生前通过虚开发票获取了非法利益（如多抵扣的税款、骗取的财政补贴），其遗产可能需承担民事赔偿责任。
   

• 根据《民法典》第1161条，继承人以所得遗产实际价值为限清偿被继承人依法应当缴纳的税款和债务；
  
• 若继承人放弃继承，则对被继承人的债务不负清偿责任，但税务机关仍可依法追缴税款（如从已故嫌疑人的银行账户、房产等遗产中直接划扣）。

1. 行政处罚可能“人亡案结”，但特殊情形需处理
   若虚开发票行为同时违反《发票管理办法》等行政法规，理论上行政处罚对象为已故嫌疑人本人，处罚程序会因主体灭失而终止。
   但例外情形：若虚开发票行为导致国家税款流失，税务机关仍可依据《税收征收管理法》对已故嫌疑人的遗产进行税务稽查，并追缴欠缴的税款、滞纳金及罚款（从遗产中优先受偿）。

2. 实务建议

• 家属角度：若继承遗产，需主动配合税务机关核查税款缴纳情况，避免因隐瞒遗产导致后续纠纷；
  
• 企业角度：若与已故嫌疑人存在业务往来（如接受其虚开的发票），需立即自查并补缴税款，否则可能被认定为“善意取得”外的“恶意接受虚开发票”，面临行政处罚甚至刑事风险；
  
• 执法机关角度：需及时固定证据（如虚开发票的电子数据、资金流向等），防止因嫌疑人去世导致关键证据灭失，影响对其他共犯的追责。

总结：嫌疑人去世后，刑事程序终止，但民事赔偿和行政追缴可能通过其遗产继续处理。具体案件需结合虚开发票的金额、是否造成国家损失、遗产范围等因素综合判断。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。