针对“运输公司虚开发票怎么处理”的问题，以下是对此行为的全面解析，包括可能面临的行政责任和刑事责任，以及相应的法律建议。
一、明确结论
虚开运输发票，无论金额大小，均属于违法行为。一旦查实，运输公司将面临税务机关的行政处罚或刑事处罚，同时，这种行为也可能对企业的信誉和未来经营造成严重影响。
二、行政责任
处罚措施：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》（2023年修订），税务机关对于虚开发票行为将没收违法所得，并根据虚开金额的大小处以罚款。
- 虚开金额在1万元以下的，可并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，将并处5万元以上50万元以下的罚款。
其他措施：
- 税务机关还可能采取停止供应发票、要求限期改正等其他行政措施。
三、刑事责任
罪名及量刑标准：
- 若虚开的是增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票，且虚开税款数额达到一定标准，将构成虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪。具体量刑如下：
- 虚开税款数额10万元以上或造成国家税款损失5万元以上的，处三年以下有期徒刑或拘役，并处2万元以上20万元以下罚金。
- 虚开税款数额较大（如50万元以上）或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金。
- 虚开税款数额巨大（如250万元以上）或有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金或没收财产。
- 若虚开的是除上述特定发票外的其他发票（如普通运输发票），且情节严重，将构成虚开发票罪。处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
单位犯罪：
- 对于单位犯上述罪行，将对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法进行处罚。
四、实际案例影响
以某运输公司为例，若该公司在没有实际运输业务的情况下为他人虚开发票，不仅将面临税务机关的严厉处罚，还可能因此导致公司声誉受损，甚至影响未来的业务合作和经营。
五、法律建议
- 严格遵守税收法规：企业和个人应严格遵守税收法规，避免任何形式的虚开发票行为。
- 加强内部管理：建议企业加强内部管理，建立严格的发票管理制度，确保所有发票的真实性和合法性。
- 提高法律意识：加强员工的法律意识培训，让员工了解虚开发票的严重后果。
- 及时报告并配合调查：如发现虚开发票行为，应立即向税务机关报告并配合调查处理，以降低潜在的法律风险和损失。
综上所述，虚开运输发票是严重的违法行为，将面临严厉的法律制裁和信誉损失。因此，务必引起高度重视并严格遵守相关法律法规。