针对您提出的“运输发票虚开3万怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答。
首先，需要明确的是，虚开发票是一种违法行为，无论虚开的金额大小，都会受到法律的制裁。对于虚开运输发票3万的情况，根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关规定，您可能会面临以下处罚：
税务机关没收违法所得： 税务机关在发现虚开发票行为后，会首先没收因虚开发票而获得的违法所得。这是对虚开发票行为的一种直接经济惩罚。
罚款： 根据虚开金额的大小，税务机关会并处一定数额的罚款。对于虚开金额在1万元以上但不超过50万元的情况，罚款金额通常在5万元以上10万元以下。虽然您提到的虚开金额为3万，但具体罚款数额还需根据税务机关的裁量以及案件的具体情况来确定，不过可以明确的是，罚款金额会在这个范围内。
刑事责任： 如果虚开发票的行为构成犯罪，那么相关责任人还将面临刑事处罚。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开普通发票情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。对于单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照上述规定处罚。
实际案例参考： 以某公司虚开增值税专用发票为例，该公司虚开金额高达数百万元，最终被税务机关处以高额罚款，并移送司法机关追究刑事责任。虽然您的虚开金额较小，但同样需要引起高度重视，避免类似风险的发生。
建议与措施：
立即停止虚开发票行为： 如果您或您的公司正在进行虚开发票的行为，应立即停止，并主动向税务机关说明情况，争取从轻处理。
配合税务机关调查： 在税务机关进行调查时，应积极配合，提供真实、完整的资料和信息，以便税务机关准确认定事实，依法作出处理。
加强内部管理： 建立健全的发票管理制度，加强员工培训，提高法律意识，确保发票的开具和使用符合法律法规的要求。
寻求专业法律帮助： 如果您对虚开发票行为的法律后果和处理方式存在疑问，建议寻求专业法律帮助，以便更好地维护自身权益。
总之，虚开发票是一种严重的违法行为，不仅会影响企业的正常经营秩序，还会带来法律风险。因此，建议您严格遵守法律法规，诚信经营，避免类似风险的发生。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。