针对您提出的“虚开发票三万怎么处罚”的问题，以下是根据相关法律和常规处理流程给出的详细解答：

一、处罚依据

虚开发票属于违反税收管理法规的行为，依据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，以及相关的税收法律法规，对于虚开发票的行为，税务机关将依法进行处罚。

二、处罚措施

1. 没收违法所得：

   • 税务机关会对虚开发票所获得的违法收入予以没收，从根源上杜绝违法获利。

2. 罚款：

   • 税务机关可以对虚开发票的行为并处1万元以上5万元以下的罚款。罚款金额会根据具体情况确定，目的是起到惩戒作用。

3. 刑事责任：

   • 如果虚开发票的行为构成犯罪（如虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪等），将依法追究刑事责任。
   • 一般情况下，会处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。
   • 如果情节特别严重，会处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

4. 对单位的处罚：

   • 如果是单位犯此罪，不仅要对单位判处罚金，还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，按照上述个人犯罪的规定进行处罚。

三、实际案例

以小朱的案例为例，他作为公司负责人指使会计小李虚开了3万元的普通发票。税务机关在税务检查中发现了这一情况，并认定该行为属于虚开普通发票情节严重的情形。因此，小朱所在公司不仅虚开发票的违法所得被没收，还可能面临1万元以上5万元以下的罚款。同时，如果构成犯罪，小朱等直接负责人员还将面临刑事处罚。

四、其他影响

除了上述的法律处罚外，虚开发票还会对个人的信用记录产生负面影响。一旦失信，可能会影响到个人的贷款申请、商业合作等方面。

五、建议

为了避免不必要的法律风险和损失，建议企业和个人严格遵守税收管理法规，确保发票的真实性和合法性。如果发现有虚开发票的行为，应及时向税务机关举报并配合调查处理。

综上所述，虚开发票三万属于情节严重的违法行为，将面临没收违法所得、罚款、刑事责任等严厉的处罚措施。因此，请务必遵守相关法律法规，确保税务合规。