虚开50万运输发票是一种严重的违法行为，其法律后果根据情节的轻重而有所不同，可能同时面临行政处罚和刑事处罚。以下是对此问题的详细解答：

一、行政责任

根据《中华人民共和国发票管理办法》（2023年修订）的相关规定，对于虚开发票行为，税务机关将采取以下处罚措施：

1. 没收违法所得：税务机关将没收因虚开发票而获得的非法所得。

2. 罚款：

   • 若虚开金额在1万元以下，可并处5万元以下的罚款；
   • 若虚开金额超过1万元，将并处5万元以上50万元以下的罚款。

对于虚开50万运输发票的情况，显然属于虚开金额超过1万元的情形，因此将面临5万元以上50万元以下的罚款。

1. 其他行政措施：税务机关还可能采取停止供应发票、要求限期改正等行政措施，以进一步规范企业的发票管理行为。

二、刑事责任

在虚开运输发票的情况下，若情节严重，还可能触犯《中华人民共和国刑法》的相关规定，面临刑事处罚。具体罪名及量刑标准如下：

1. 虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪：

   • 若虚开的运输发票为增值税专用发票或可用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，且虚开税款数额达到一定标准（如50万元以上），将构成此罪。
   • 量刑标准：处三年以上十年以下有期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金。若情节特别严重，如虚开税款数额巨大或有其他特别严重情节，将面临十年以上有期徒刑或无期徒刑，并处5万元以上50万元以下罚金或没收财产。

2. 虚开发票罪：

   • 若虚开的是普通运输发票（非增值税专用发票或不可用于骗取出口退税、抵扣税款的发票），且情节严重，将构成此罪。
   • 量刑标准：处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

三、实际影响与建议

虚开运输发票不仅会导致企业面临严厉的法律制裁，还会对企业的信誉和未来经营造成不可估量的损害。因此，我建议您：

1. 严格遵守税收法规：确保所有发票的真实性和合法性，避免任何形式的虚开发票行为。

2. 加强内部管理：提高员工的法律意识，建立完善的发票管理制度，确保企业发票管理的规范性和合规性。

3. 及时报告与配合调查：如发现虚开发票行为，应立即向税务机关报告并配合调查处理，以降低潜在的法律风险和损失。

综上所述，虚开50万运输发票将面临严厉的行政处罚和可能的刑事处罚。因此，务必引起高度重视并严格遵守相关法律法规，以确保企业的合法经营和稳健发展。