针对您提出的“虚开运输发票税额未超1万怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，虚开运输发票，无论税额大小，均属于违法行为，这一行为将受到税务机关的严厉处罚，并可能对企业的信誉和未来经营造成严重影响。

对于虚开运输发票税额未超过1万元的情况，根据《中华人民共和国发票管理办法》（2023年修订）的相关规定，税务机关将采取以下行政处罚措施：

1. 没收违法所得：税务机关将没收因虚开发票而获得的任何违法所得。

2. 罚款：对于虚开金额在1万元以下的情况，税务机关可并处5万元以下的罚款。这一罚款力度是相对较大的，旨在严厉打击虚开发票行为。

除了上述行政处罚外，税务机关还可能采取其他行政措施，如停止供应发票、要求限期改正等，以进一步规范企业的发票管理行为。

重要提醒：

• 尽管虚开运输发票税额未超过1万元可能不会直接触发刑事责任，但这一行为仍然严重违反了税收法规，且可能对企业的信誉造成长期损害。
• 虚开发票行为一旦被发现，税务机关将进行深入调查，并可能根据调查结果采取更严厉的处罚措施。
• 企业应严格遵守税收法规，加强内部管理，提高员工的法律意识，确保所有发票的真实性和合法性。

建议措施：

• 如果您或您的企业已经涉及虚开运输发票的行为，应立即停止这一行为，并主动向税务机关报告，配合调查处理。
• 加强与税务机关的沟通，了解相关税收法规和政策，确保企业的发票管理行为符合法规要求。
• 定期对企业的发票管理情况进行自查，及时发现并纠正可能存在的问题。

综上所述，虚开运输发票税额未超过1万元虽然可能不会直接面临刑事处罚，但仍然会受到税务机关的严厉行政处罚，并可能对企业的信誉和未来经营造成严重影响。因此，务必引起高度重视并严格遵守相关法律法规。