公司接受虚开发票属于违法行为，需立即停止使用并采取补救措施，同时可能面临税务处罚、刑事责任及民事赔偿风险，具体处理方式如下：

一、立即停止使用虚开发票，主动补救

1. 停止使用虚开发票
   若公司已接受虚开发票（如无真实交易背景、发票内容与实际不符等），需立即停止将该发票用于财务记账、税务申报或成本抵扣，避免违法行为进一步扩大。

2. 联系开票方补开/换开发票
   若发票存在信息错误（如金额、名称、税号等），可要求开票方重新开具合法发票；若发票本身为虚开（如无真实交易），需与开票方协商补开真实交易的发票，或通过其他合法途径获取合规发票。

3. 调整账务处理
   对已入账的虚开发票，需从账务中剔除，并补记真实交易的成本或费用（如有）。若已抵扣税款，需向税务机关申请补缴税款及滞纳金。

二、配合税务机关调查，主动说明情况

1. 自查并报告税务机关
   公司需对接受虚开发票的情况进行自查，整理相关证据（如合同、付款记录、物流单据等），主动向税务机关说明情况，争取从轻处理。

2. 接受税务处罚
   根据《税收征收管理法》及《发票管理办法》，接受虚开发票可能面临以下处罚：

   • 补缴税款及滞纳金；
     
   • 罚款（一般为虚开金额的0.5倍至5倍）；
     
   • 降低纳税信用等级；
     
   • 情节严重者，可能被移送公安机关追究刑事责任。

三、评估刑事责任风险，必要时寻求法律帮助

1. 刑事责任风险
   若公司明知是虚开发票仍接受使用，或虚开税款数额较大（如虚开税款10万元以上），可能构成《刑法》第二百零五条之一的“虚开发票罪”，直接负责的主管人员和其他责任人员可能被判处刑罚。

2. 应对措施

   • 若公司被立案侦查，需立即委托律师介入，分析案件事实，争取不立案、撤案或从轻处理；
     
   • 若公司已构成犯罪，需配合律师与检察机关沟通，争取缓刑、减刑或免予刑事处罚。

四、完善内部管理，防范未来风险

1. 建立发票审核机制
   对供应商资质、交易真实性、发票内容等进行严格审核，避免接受虚开发票。

2. 加强员工培训
   定期组织财务、采购等部门学习税务法规，提高风险意识。

3. 保留交易证据
   完善合同、付款、物流等凭证的留存，确保每笔交易均有据可查。

总结：公司接受虚开发票需立即停止使用、补救账务、配合调查，并评估刑事责任风险。若涉及复杂情况（如金额巨大、已被立案），建议直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业法律意见。