员工发薪主体在母公司，在符合特定条件下税务是合法的。具体分析如下：

1. 税务合法性的基本判断：

   • 发薪主体与用工主体不一致，并不必然导致税务违法。关键在于是否满足税法及相关法规的要求，包括但不限于工资薪金的支付、个人所得税的代扣代缴、社保费用的缴纳等方面。

2. 工资薪金支付与个税代扣代缴：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，工资薪金所得属于个人所得税的征税范围，支付工资薪金的单位或个人为扣缴义务人。若母公司作为发薪主体，且实际承担了员工的工资薪金支付义务，那么母公司应依法履行个人所得税的代扣代缴义务。
   • 在此情况下，只要母公司按照税法规定，正确计算并代扣代缴了员工的个人所得税，就符合税务合法性的要求。

3. 社保费用的缴纳：

   • 社保费用的缴纳通常与用工关系紧密相关。根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，用人单位应当为其职工缴纳社会保险费。若员工实际在子公司工作，但发薪主体为母公司，此时需明确用工关系及社保缴纳责任。
   • 如果母公司与子公司之间存在明确的内部协议或安排，且该安排符合法律法规的规定，如母公司作为社保缴纳主体但实际承担费用，或者子公司作为用工主体但委托母公司代缴社保等，那么这种安排在税务上是可以被接受的。但需注意，具体操作时需确保符合当地社保政策的要求，避免产生社保缴纳方面的风险。

4. 潜在风险与合规建议：

   • 尽管发薪主体在母公司在符合特定条件下税务是合法的，但仍需注意潜在的风险，如用工关系与社保缴纳关系不一致可能引发的劳动争议、税务稽查风险等。
   • 为降低风险，建议母公司与子公司之间签订明确的内部协议或安排，明确双方的权利义务关系，包括工资薪金的支付、个人所得税的代扣代缴、社保费用的缴纳等方面。同时，应确保这些安排符合税法、社保法等相关法律法规的规定，并定期进行自查和整改，以确保合规性。