公司给母公司员工发年终奖是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
如果公司与其母公司员工存在劳动关系：
- 在这种情况下，公司给母公司员工发年终奖，本质上是对其员工的一种奖励或福利，只要该年终奖的发放符合公司内部的规章制度、劳动合同的约定，以及不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准、税收法规等），那么这种发放行为就是合法的。
- 年终奖作为劳动报酬的一部分，其发放与否以及发放标准，通常会在劳动合同或公司规章制度中有所约定。如果公司按照约定或规定发放年终奖，那么这一行为就是受到法律保护的。
如果公司与其母公司员工不存在劳动关系：
- 若公司并非母公司员工的用人单位，即双方不存在劳动关系，那么公司给母公司员工发年终奖的行为，在法律上可能被视为一种赠与或第三方支付。
- 在这种情况下，虽然法律没有明确禁止这种行为，但也没有直接规定其合法性。它更多依赖于公司内部的决策、母公司与公司之间的协议，以及可能涉及的税务、财务等规定。
- 如果这种发放行为没有违反任何法律法规，且得到了相关方的同意或认可，那么可以认为它是合法的。但需要注意的是，如果这种发放行为涉及到不正当的利益输送、违反公司章程或损害其他股东利益等情况，那么可能会引发法律纠纷。
法律建议：
- 对于公司而言，在决定是否给母公司员工发年终奖时，应首先明确双方是否存在劳动关系，并据此判断发放行为的法律性质。
- 如果存在劳动关系，公司应确保年终奖的发放符合劳动合同和公司规章制度的约定，以及不违反相关法律法规。
- 如果不存在劳动关系，公司应谨慎考虑发放年终奖的必要性和合法性，避免引发不必要的法律纠纷。
- 在任何情况下，公司都应确保年终奖的发放行为透明、公正，避免内部矛盾或外部质疑。
可能涉及的法律后果：
- 如果公司违法发放年终奖（如违反最低工资标准、税收法规等），可能会面临劳动行政部门的处罚、税务部门的追缴等法律后果。
- 如果公司因发放年终奖而引发劳动争议或股东纠纷，可能需要通过法律途径解决，这可能会耗费公司大量的时间、精力和金钱。
因此，公司在决定是否给母公司员工发年终奖时，应充分考虑各种因素，确保发放行为的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。