结论：公司车违法后，公司一般不能直接扣款要求员工交钱，但具体情况需根据违法原因、公司规章制度及劳动合同约定等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、违法原因与责任归属
员工个人原因违法：
- 如果公司车的违法行为是由于员工个人驾驶不当（如超速、闯红灯等）导致的，那么根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，违法责任应由驾驶人（即员工）承担。
- 在这种情况下，公司通常不能直接从员工工资中扣款来支付罚款，但公司可以依据内部规章制度或劳动合同约定，要求员工承担相应的赔偿责任。如果员工拒绝承担，公司可以通过法律途径追偿。
公司原因或车辆问题违法：
- 如果公司车的违法行为是由于车辆本身的问题（如未年检、未投保等）或公司安排不当（如要求员工在禁止通行的时段或路段行驶）导致的，那么违法责任应由公司承担。
- 在这种情况下，公司无权要求员工承担罚款或赔偿责任。
二、公司规章制度与劳动合同约定
公司规章制度：
- 公司可以在内部规章制度中明确规定，对于因员工个人原因导致的公司车违法行为，员工应承担相应的赔偿责任。但这样的规定必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示，否则可能无效。
- 如果公司规章制度中有此类规定，且员工已知晓并同意，那么公司可以依据规定要求员工承担赔偿责任。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的法律文件。如果劳动合同中明确约定了员工因个人原因导致公司车违法时应承担的赔偿责任，那么公司可以依据合同约定要求员工承担。
- 但同样，这样的约定必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
三、法律建议与风险提示
对于员工：
- 在驾驶公司车时，应严格遵守交通法规，确保行车安全。
- 如果因个人原因导致违法行为，应积极配合公司处理，并承担相应的赔偿责任（如果合同或规章制度中有约定）。
- 如果认为公司的扣款要求不合理或违法，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
对于公司：
- 应建立健全的车辆管理制度和交通安全培训制度，提高员工的交通安全意识。
- 在制定内部规章制度或劳动合同约定时，应确保相关条款合法、合理，并经过民主程序制定并公示。
- 如果因员工个人原因导致违法行为并产生罚款或赔偿责任，应依法依规处理，避免侵犯员工的合法权益。
举例说明：假设某员工驾驶公司车时因超速被交警处罚，罚款200元。如果公司规章制度或劳动合同中明确约定了员工因个人原因导致违法行为时应承担赔偿责任，且该约定合法有效，那么公司可以要求员工承担这200元的罚款。但如果违法行为是由于车辆未年检或公司安排不当导致的，则公司无权要求员工承担罚款。
后续行动建议：如果您或您的公司遇到类似问题，建议先查阅相关规章制度和劳动合同约定，了解双方的权利义务。如有争议或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。