员工开公司车违章扣分，原则上应由员工本人承担。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

从交通法规的角度来看，交通违章扣分是针对驾驶人的行为进行的处罚。当员工驾驶公司车辆时，如果违反了交通规则，如超速、闯红灯等，那么根据交通法规的规定，扣分应当记在驾驶人，也就是员工的名下。这是因为交通违章行为是驾驶人个人在驾驶过程中的行为，与车辆的所有权归属无关。

合同与内部规定角度

1. 劳动合同或公司规章制度：如果公司与员工在劳动合同或公司规章制度中明确约定了员工驾驶公司车辆违章时的责任承担方式，那么应当按照约定来执行。例如，合同中可能规定员工驾驶公司车辆违章时，扣分和罚款均由员工承担，或者公司承担罚款但扣分由员工负责等。

2. 无明确约定时：如果劳动合同或公司规章制度中没有明确约定，那么根据一般的法律原则和公平原则，员工应当承担因其个人行为导致的交通违章扣分责任。因为员工是驾驶行为的直接实施者，应当对其行为负责。

实际操作与建议

1. 公司管理角度：为了避免类似纠纷的发生，公司可以在员工驾驶公司车辆前，对其进行交通安全教育和培训，明确告知员工驾驶公司车辆时的责任和义务。同时，公司也可以制定相应的规章制度，对员工驾驶公司车辆违章时的责任承担方式进行明确规定。

2. 员工角度：作为员工，在驾驶公司车辆时应当严格遵守交通规则，确保行车安全。如果确实发生了交通违章行为，应当主动承担责任，及时处理违章记录，避免给公司和个人带来不必要的麻烦。

3. 特殊情况处理：如果员工认为交通违章行为并非由其本人造成，或者存在其他特殊情况（如车辆故障、他人指使等），那么员工可以向公司说明情况，并提供相关证据。在这种情况下，公司可以根据实际情况进行调查和处理，必要时可以协助员工向交通管理部门提出申诉或复议。

总结来说，员工开公司车违章扣分原则上应由员工本人承担。但具体责任承担方式还需根据劳动合同、公司规章制度以及实际情况进行综合判断。如果你或你的公司遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。