面对借款已经归还但对方不承认的情况，你可以通过以下步骤来维护自己的合法权益：

1. 全面收集并整理证据：

   • 转账记录：如果你是通过银行转账、微信、支付宝等电子支付方式还款的，务必保存好转账凭证和交易记录。这些记录能清晰显示转账的时间、金额、收款方等信息，是强有力的直接证据。
   • 收据或收条：如果是现金还款，应要求对方出具收据或收条，并确保其上明确写明收款人、收款时间、收款金额及款项性质（如“收到XX还款”等）。若当时未出具，可尝试补写并让对方签字确认，或寻找其他证据佐证现金还款的事实。
   • 聊天记录或通话录音：双方关于还款事宜的聊天记录（如微信、短信）或通话录音也可作为辅助证据。但需确保聊天记录完整，录音真实且未采用违法手段获取，比如录音时未告知对方且涉及隐私内容则可能不被采纳。
   • 证人证言：如有第三人在场见证还款过程，其证言也能提供有力支持。证人需能清晰描述还款的时间、地点、金额等情况，并愿意出庭作证。

2. 尝试友好协商与调解：

   • 与对方沟通：在收集好证据后，首先尝试与对方进行友好协商，展示你的还款证据，并说明情况，争取让对方承认还款事实。协商过程中，保持冷静和理性，避免情绪化交流。
   • 申请人民调解：若协商无果，可向当地的人民调解委员会申请调解。人民调解委员会是依法设立的群众性组织，能帮助双方居中斡旋，达成和解协议。调解达成的协议具有法律效力，双方应当履行。

3. 采取法律措施：

   • 发送催款确认函或律师函：若调解无效，可考虑向对方发送催款确认函或委托我起草并发送律师函。这不仅能以专业的法律语言告知对方你的主张和证据，还能起到一定的威慑作用，督促对方尽快解决问题。
   • 提起诉讼：若上述方式均无法解决问题，可向法院提起民事诉讼，请求法院确认债务已经清偿。在诉讼过程中，需向法院提交之前收集的所有证据材料，并由法院根据事实和法律规定作出公正判决。
     • 准备诉讼材料：包括起诉状、证据清单及证据材料、双方的身份信息等。起诉状要明确诉讼请求和事实理由，比如请求法院确认债务已清偿，并附上相关证据。
     • 选择管辖法院：一般由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。需根据具体情况选择合适的法院进行起诉，比如如果借款时约定了还款地点，则该地点通常为合同履行地。
     • 参加庭审：在庭审过程中，按照法官的要求进行陈述和举证，清晰地阐述还款的事实和提供相关证据。同时，也要准备好应对对方的反驳和辩解。

4. 注意事项：

   • 诉讼时效：民事案件的诉讼时效一般为三年。请务必在发现对方不承认还款时及时采取行动，以免超过诉讼时效而面临败诉风险。
   • 证据效力：确保证据的合法性、真实性和关联性。非法获取的证据可能不被法院采纳，比如通过窃听、偷拍等手段获取的录音或视频。
   • 保持冷静：在整个过程中，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或言语攻击，以免激化矛盾或影响证据的效力。

示例说明： 假设你通过微信转账向朋友借款1万元，并约定了还款期限。到期后，你通过银行转账归还了借款，但朋友却否认收到还款。此时，你可以按照以下步骤操作：

• 收集银行转账记录作为直接证据；
• 如果朋友之前出具了借条，可以在借条上备注“已还款”并让朋友签字确认，或者要求朋友出具收据；
• 尝试与朋友友好协商，展示转账记录和借条/收据；
• 若协商无果，可以向人民调解委员会申请调解；
• 若调解仍无果，可以向法院提起诉讼，提交转账记录、借条/收据等证据材料。

最后，如果你在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，提供针对性的法律建议和指导。