面对钱已经还给对方但对方不承认的情况，你可以通过以下步骤来维护自己的合法权益：
收集还款证据：
- 电子转账记录：如果你通过银行转账、微信、支付宝等电子方式还款，这些转账记录是直接且有力的证据。确保保存好转账的截图或交易记录，上面应清晰显示转账时间、金额、收款方信息等。
- 书面证据：如果还款时有书面收据或你在原借条上标注了“已还款”并让对方签字确认，这些也是重要的证据。收据应详细注明还款人、金额、时间及债务相关信息。
- 聊天记录与通话录音：保存与对方的聊天记录或通话录音，其中应明确提及还款事宜。但需注意，录音必须合法取得，不得侵犯他人隐私。
- 证人证言：如果有第三方在场见证了还款过程，他们的证言也可以作为辅助证据。
- 银行取款凭证：如果你是从银行取款后以现金方式还款，提供取款凭证可以证明资金来源，间接支持你的还款事实。
与对方协商：
- 在掌握一定证据的基础上，尝试与对方进行平和的沟通。出示你收集的证据，提醒对方回忆还款事实，看是否能达成共识。
- 协商过程中，可以录音录像以备不时之需，但同样需确保合法合规。
寻求第三方调解：
- 如果直接协商无果，你可以寻求人民调解委员会、社区组织或其他相关机构的调解。调解员会依据事实和法律进行公正调解，促使双方达成和解。
提起诉讼：
- 当调解也无法解决问题时，你可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在准备起诉状时，详细陈述你的诉讼请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
- 法院立案后，会安排庭审。在庭审中，你需要举证、质证、辩论，以证明你已还款的事实。如果法院判决你胜诉，而对方仍不履行判决，你可以申请强制执行。
特别提示与注意事项：
- 保持冷静理性：在整个过程中，避免采取过激行为或言语攻击，以免激化矛盾。依法依规行事是维护自己权益的最佳方式。
- 确保证据的真实性与合法性：证据是解决问题的关键。务必确保证据的真实性、合法性和关联性。非法取得的证据可能不会被法院采纳。
- 及时采取行动：一旦发现对方不承认还款事实，应尽快采取措施收集证据并寻求法律帮助。时间拖得越久，证据可能越难收集。
- 注意诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。务必在借款到期后及时主张权利，避免超过时效而丧失法律保护。
示例说明：
假设你通过微信转账还清了借款，但对方却否认还款事实。此时，你可以保存好转账记录作为直接证据，并与对方进行沟通协商。如果协商无果，你可以向人民调解委员会申请调解。若调解仍无法解决问题，你可以向法院提起诉讼，并附上微信转账记录作为证据。在庭审中，你需要充分展示证据并阐述事实，以证明你已还款的事实。
面对此类纠纷时，请务必保持冷静并依法行事。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。