结论：公司有加班调休规定但安排轮休不允许抵扣，这一做法是否合法需分情况讨论，关键在于公司的规定是否违反了法律法规的强制性规定以及是否充分保障了员工的合法权益。
分析：
法律法规的强制性规定：
- 根据《劳动法》及相关规定，员工因工作需要加班的，用人单位应当安排补休或者支付加班费。这里的“补休”通常指的是在员工加班后，用人单位安排员工在其他时间休息，以替代加班时间的工作。
- 如果公司的加班调休规定明确允许员工在加班后选择调休，但实际操作中却以轮休为由不允许抵扣，这可能违反了公司自身的规定，也间接违反了《劳动法》中关于补休或支付加班费的原则性要求。
公司规定的合理性：
- 公司有权根据自身经营需要制定加班和调休政策，但这些政策必须合法、合理且公平。如果公司的轮休制度设计得当，能够确保员工在加班后得到充分的休息，并且不损害员工的合法权益，那么这种制度可能是合法的。
- 然而，如果轮休制度实际上剥夺了员工选择调休的权利，或者导致员工无法获得应有的休息时间，那么这种制度就可能存在问题。
员工权益的保障：
- 员工有权根据自己的需要选择调休或接受加班费。如果公司不允许员工用轮休抵扣加班时间，且未提供加班费作为补偿，那么这可能侵犯了员工的合法权益。
- 员工在面对这种情况时，可以与公司进行沟通协商，要求公司按照法律法规和公司规定执行。如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
建议：
- 对于公司：应确保加班和调休政策合法、合理且公平，充分保障员工的合法权益。如果公司有轮休制度，应明确轮休与加班调休的关系，避免产生歧义和纠纷。
- 对于员工：在面对公司不允许用轮休抵扣加班时间的情况时，应首先与公司进行沟通协商。如果协商无果，可以保留相关证据（如加班记录、公司规定等），并向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
可能后果：
- 如果公司违反了法律法规的强制性规定或侵犯了员工的合法权益，可能会面临劳动监察部门的处罚或员工的法律诉讼。
- 员工如果通过法律途径维护自己的权益，可能会获得加班费、经济补偿等赔偿。
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