结论：公司以开工资时间为理由扣除公休、少发工资的行为，通常是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
一、法律背景与规定
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
公休日与工资关系：
- 公休日是劳动者依法享有的休息日，用人单位在公休日安排劳动者工作的，应当按照法律规定支付加班费，而不是扣除工资或公休。
- 如果公司因为开工资时间而扣除公休或少发工资，这实际上是对劳动者休息权和劳动报酬权的侵犯。
二、公司行为的合法性分析
扣除公休：
- 公司无权因为开工资时间而扣除劳动者的公休。公休是劳动者的合法权益，公司应当保障劳动者的休息权。
少发工资：
- 公司以开工资时间为理由少发工资，同样是不合法的。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，公司应当按时足额支付。
三、劳动者的权益保护
与公司协商：
- 如果公司存在上述违法行为，劳动者首先可以尝试与公司进行协商，要求公司纠正错误并补发工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对公司进行调查并处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不满意，或者公司拒绝执行劳动监察部门的决定，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
四、具体建议
保留证据：
- 劳动者应当保留好与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以便在需要时证明自己的权益。
及时咨询：
- 如果劳动者对公司的行为有疑问或不确定如何处理，可以及时向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。
总结：公司以开工资时间为理由扣除公休、少发工资的行为是不合法的。劳动者应当了解自己的权益，并在必要时采取措施维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。