结论：民事调解书中若明确表述诉讼费由被告负担，且注明了原告预交金额及法院应向原告退费的金额，这样的表述是合法且合理的，法院会按照调解书的内容执行退费。

详细解释与说明：

1. 诉讼费负担原则：

   • 在民事诉讼中，诉讼费的负担通常遵循“谁败诉谁负担”的原则。但在调解案件中，双方当事人可以自行协商确定诉讼费的负担方式，这是当事人意思自治的体现。
   • 因此，在民事调解书中，双方约定诉讼费由被告负担，是完全合法的。

2. 预交与退费流程：

   • 原告在提起诉讼时，通常需要预交诉讼费。这是诉讼程序的一部分，也是确保诉讼能够顺利进行的一种经济保障。
   • 如果调解书中明确由被告负担诉讼费，且注明了原告预交的具体金额，那么法院在制作调解书时，会同时确定应向原告退费的金额。
   • 退费流程一般如下：法院在调解书生效后，会根据调解书的内容，将原告预交的诉讼费中应由被告负担的部分退还给原告。这通常是通过法院的财务部门进行操作的，原告需要按照法院的要求提供相关的银行账户等信息，以便接收退费。

3. 调解书的法律效力：

   • 民事调解书是法院根据双方当事人的调解协议制作的法律文书，具有与判决书同等的法律效力。
   • 一旦调解书生效，双方当事人都必须履行调解书中确定的义务，包括诉讼费的负担和退费等。
   • 如果一方当事人不履行调解书中的义务，另一方当事人可以向法院申请强制执行。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 原告在收到调解书后，应仔细核对调解书中关于诉讼费负担和退费的条款，确保自己的权益得到保障。
   • 如果对调解书中的内容有疑问或异议，应及时向法院提出，以便在调解书生效前进行修正。
   • 在退费过程中，原告应积极配合法院的工作，提供必要的银行账户等信息，以便顺利接收退费。

建议与后续行动：

• 如果您已经收到了这样的民事调解书，并且对其中的诉讼费负担和退费条款没有异议，那么您可以按照调解书的内容等待法院的退费。
• 如果您对调解书中的内容有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。