民事调解书中未明确写明案件受理费、保全费处理方式时，通常不会直接判定由哪一方承担退费，而是需结合调解协议内容、双方协商结果及法院最终处理意见综合确定。具体分析如下：

1. 调解协议优先原则
   根据《诉讼费用交纳办法》第三十条，诉讼费用的承担原则上由双方当事人协商解决；协商不成的，由法院根据案件具体情况决定。若调解书中未明确约定费用承担，但双方在调解过程中已达成口头或书面补充协议（如“案件受理费由原告承担，保全费由被告承担”），则以补充协议为准。此时需注意保留协商证据（如聊天记录、邮件等），以便后续主张权利。

2. 法院处理惯例
   若调解书及补充协议均未约定费用承担，法院通常会根据以下因素裁决：

   • 调解结果对费用的影响：例如，若原告因被告履行义务而撤诉，法院可能判定案件受理费由原告承担（因撤诉减半收取）；若调解结果涉及被告赔偿原告损失，法院可能判定案件受理费由被告承担（体现过错原则）。
     
   • 保全措施的必要性：保全费一般由申请方（原告）预交，但若保全措施对案件审理或执行起到关键作用（如防止被告转移财产），法院可能判定保全费由被告承担。
     
   • 公平原则：法院会综合考量双方经济状况、诉讼行为等因素，避免费用承担显失公平。

3. 实务操作建议

   • 主动沟通：若调解书未明确费用承担，建议双方优先协商解决，避免后续争议。
     
   • 申请补正：可向法院提交书面申请，要求对调解书进行补正，明确费用承担方式（需双方同意或法院依职权决定）。
     
   • 执行阶段主张：若调解书已生效且进入执行阶段，可在执行申请中列明费用承担请求，由执行法院一并处理。
     

温馨提示：民事调解书的费用承担条款直接影响当事人权益，建议在签署前仔细核对。若对费用处理有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您分析。