在民事案件调解结案后，如果约定由被告承担诉讼费用，原告是可以要求法院全额退还已预交的诉讼费的。以下是详细解释：

1. 调解结案诉讼费用的承担：

   • 调解结案时，诉讼费的承担方式由双方当事人协商决定。
   • 如果双方协商由原告承担，则预交诉讼费一般不退。
   • 如果协商由被告承担或双方按比例分担，原告可按法院规定的流程申请退回多交部分。

2. 法律依据：

   • 根据相关法律规定，调解结案或当事人申请撤诉的，案件受理费减半交纳。
   • 民事调解书经双方签收生效后，当事人可联系法院办理退费，法院会退还多收的一半诉讼费。

3. 实际操作流程：

   • 原告需要向法院提交退费申请，说明案件已调解结案，并附上调解协议等相关证明材料。
   • 法院经审核确认符合规定后，会按照相应流程办理退费事宜。

4. 注意事项：

   • 不同地区法院在退费流程和所需材料上可能存在差异，建议原告在调解后尽快与承办法官沟通，了解当地法院的具体要求。
   • 如果调解协议中明确约定了诉讼费用的承担方式，原告应确保按照协议执行，并妥善保留相关证据，以便在需要时向法院申请退费。

综上所述，如果民事案件调解结案时约定由被告承担诉讼费用，原告是可以要求法院全额退还已预交的诉讼费的。但具体退费流程和所需材料可能因地区而异，建议原告及时与承办法官沟通并了解当地法院的具体要求。