结论：调解书调解由被告承担的诉讼费，一般情况下不能直接申请法院退还，但存在特定情形时，可以依法申请退还。以下是对此问题的详细分析：
一、诉讼费承担的一般原则
在诉讼过程中，诉讼费通常由败诉方承担。然而，在调解结案的情况下，诉讼费的承担往往由双方当事人在调解协议中自行约定。如果调解协议中明确约定由被告承担诉讼费，那么这一约定对双方当事人具有法律约束力。
二、诉讼费退还的特定情形
尽管调解协议中可能约定由被告承担诉讼费，但并不意味着原告已经预交的诉讼费可以直接退还。不过，存在以下特定情形时，原告可以依法申请退还诉讼费：
多预交诉讼费：如果原告在起诉时预交的诉讼费超过了实际应承担的金额，那么超出部分应当予以退还。这通常发生在原告起诉时对诉讼标的额估计过高，导致预交了过多的诉讼费。
调解协议变更或撤销：如果调解协议被依法变更或撤销，且变更或撤销后诉讼费的承担方式发生变化，那么原告可以根据新的调解协议或法院判决申请退还诉讼费。
法院错误收取：如果法院在收取诉讼费时存在错误，如重复收取、超标准收取等，原告可以向法院提出申请，要求退还多收的诉讼费。
三、申请退还诉讼费的流程
如果原告认为符合上述退还诉讼费的情形，可以按照以下流程向法院申请退还：
准备申请材料：包括调解书、诉讼费缴纳凭证、申请退还诉讼费的书面申请等。
提交申请：将准备好的申请材料提交给审理案件的法院，并说明申请退还诉讼费的理由和依据。
法院审查：法院会对原告的申请进行审查，核实相关情况，并作出是否退还诉讼费的决定。
执行决定：如果法院决定退还诉讼费，会通知原告办理退费手续；如果法院决定不予退还，原告可以依法提出异议或上诉。
四、建议与注意事项
在调解协议中明确诉讼费承担：为了避免后续纠纷，建议在调解协议中明确约定诉讼费的承担方式和金额。
保留好相关凭证：原告应妥善保管好诉讼费缴纳凭证等证据材料，以便在申请退还诉讼费时提供证明。
及时咨询专业律师：如果对诉讼费退还问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和指导。
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