周末加班只算两小时是否合理，这主要取决于具体的加班时长以及公司所实行的工时制度。以下从不同角度进行分析：
标准工时制度下：
- 根据《劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。如果劳动者在周末加班，且加班时长未超过法定标准（例如，一天加班不超过3小时，一个月加班不超过36小时，在保障劳动者健康的前提下可适当延长，但每日不得超3小时，每月不得超36小时这一限制通常针对延长工作时间，周末加班本身不受此月总时长限制，但单日仍受每日不超过3小时延长工作时间的限制，不过实践中周末加班往往按全天计算处理，此处从理论角度阐述），但关键在于加班的计费方式。
- 若劳动者周末实际加班了更长时间，而公司仅计算两小时加班费，这显然是不合理的。劳动者有权要求公司按照实际加班时长支付加班费，即周末加班通常按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%支付工资。
综合计算工时制或不定时工时制下：
- 在综合计算工时制下，劳动者的工作时间是在一定周期内综合计算的，如一个季度或一年。如果在这个周期内，劳动者的总工作时间未超过法定标准，那么即使周末有加班，也可能不被视为额外加班，或者加班费的计算方式会有所不同。但即便如此，公司也应确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，并按照相关规定支付加班费。
- 在不定时工时制下，劳动者的工作时间更加灵活，不受固定工作时间的限制。然而，这并不意味着公司可以随意安排劳动者加班而不支付加班费。如果劳动者在周末加班，且这种加班是公司要求的，那么公司仍应支付相应的加班费。
实际操作中的考量：
- 除了法律条款外，实际操作中还需考虑劳动合同、公司规章制度以及行业惯例等因素。如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了周末加班的计算方式和加班费支付标准，那么公司应按照这些规定执行。
- 如果劳动者认为公司计算的加班时长不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司重新核算加班时长并支付相应的加班费。如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
建议：
- 劳动者应保留好加班的相关证据，如加班通知、考勤记录等，以便在需要时证明自己的加班时长。
- 如果对公司的加班费计算方式有疑问或不满，应及时与公司沟通协商，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。
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