结论：周六周日加班只算周日一天工资是否合法，需分情况讨论。在标准工时制下，若合同明确约定工资仅按周一至周五计算，且周末未安排加班或已支付加班费，则合法；若周末被安排加班且未支付加班费，则不合法。

详细分析：

1. 标准工时制下的正常情况：

   • 在标准工时制下，劳动者每日工作时间不超过八小时，平均每周工作时间不超过四十四小时，一般企业实行的是每周五天、每天八小时的工作制度。
   • 如果用人单位与劳动者在合同中明确约定，工资仅按周一至周五的正常工作时间计算，且周末是劳动者的休息时间，用人单位无需为这段时间支付额外工资，那么这种工资计算方式是合法的。

2. 周末加班的情况：

   • 如果用人单位安排劳动者在周末加班，并且没有安排补休，那么根据《劳动法》第四十四条的规定，用人单位需要支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。
   • 计算公式：若劳动者日工资为W，周末加班一天（假设为8小时）的加班费为\(2W\)（若按日工资计算加班费，且假设日工资已涵盖正常工作时间的报酬，实际计算可能需根据具体工资结构和加班时长调整，此处为简化说明）。若按小时计算，且劳动者小时工资为\(w\)，则加班费为\(8w \times 2 = 16w\)。
   • 在这种情况下，如果用人单位只算周日一天的工资（且未按加班费标准支付），那么这种做法是不合法的。

3. 特殊工时制的情况：

   • 如果用人单位实行的是综合工时制或不定时工时制，并且已经经过劳动行政部门的审批，那么工资的计算方式可能会有所不同。
   • 在综合工时制下，如果劳动者的实际工作时间总数超过该周期的法定标准工作时间总数，超过部分应视为延长工作时间，用人单位应支付加班工资。
   • 在不定时工作制下，一般情况下用人单位无需因劳动者在周末工作而额外支付加班工资，但需注意各地可能有不同规定，部分地区可能会要求用人单位在特定情况下支付相应报酬。

建议：

• 劳动者应仔细查阅自己的工作合同或劳动协议，确保其中明确规定了工作时间、休息时间和工资计算方式。
• 如果觉得自己的工作时间超过了法定标准或工资计算方式不合理，应与用人单位进行沟通协商，以维护自己的合法权益。
• 若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

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