结论：周五休息而周六周日上班只算一天加班是否合法，这主要取决于用人单位是否与劳动者进行了协商、是否依法支付了加班工资，以及是否存在特殊情况等因素。以下是对此问题的详细分析：

1. 合法加班情形：

   • 经协商后加班：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间。若用人单位与劳动者就周六周日加班达成一致，并依法支付加班工资（休息日加班且不能补休的，支付不低于工资的200%作为报酬），则此加班安排是合法的。例如，如果用人单位与劳动者协商后，决定周六加班并支付相应的加班工资，同时周日正常休息或安排补休，那么这种加班安排就是合法的。
   • 特殊行业或紧急情况：对于某些特殊行业，如交通、铁路、邮电、航空、电力、医院等，因其工作性质和公共服务需求，可能有特殊的加班规定。此外，在紧急情况下，如自然灾害、事故威胁人民生命健康和财产安全，或生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障需及时抢修时，用人单位延长工作时间不受上述限制。在这些情况下，周六周日上班只算一天加班也可能是合法的，但具体需根据实际情况和行业规定来判断。

2. 违法加班情形：

   • 未经协商强制加班：如果用人单位未经与工会和劳动者协商，强制要求劳动者在周六周日加班，且未依法支付加班工资，那么这种加班安排就是违法的。劳动者有权拒绝此类不合理的加班要求，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 不支付加班工资：即使用人单位与劳动者协商了周六周日加班，但如果未依法支付加班工资，同样构成违法行为。劳动者应获得不低于工资200%（休息日加班且不能补休）的加班报酬。如果用人单位未支付或支付不足，劳动者可以要求用人单位补足差额，并可以向相关部门投诉。

3. 加班报酬与劳动者权益保护：

   • 加班报酬：根据《劳动法》的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的200%作为加班工资。因此，如果周六周日都上班且不能安排补休，用人单位应支付两天的加班工资，而非只算一天。
   • 劳动者权益保护：劳动者应关注自身权益，了解加班的相关规定和报酬标准。如果单位违反加班规定或未支付加班工资，劳动者可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。同时，劳动者在加班时应注意保存相关证据，如加班通知、考勤记录等，以便在必要时证明加班事实。

建议：如果您遇到了周五休息而周六周日上班只算一天加班的情况，并且认为这种安排不合法或未依法支付加班工资，建议您先与用人单位进行协商，要求用人单位依法支付加班工资或安排补休。如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问。