在工伤认定程序开始后，仍然可以起诉确认劳动关系。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律程序独立性

工伤认定程序与确认劳动关系的诉讼程序是两个独立的法律程序。工伤认定主要是由社会保险行政部门根据《工伤保险条例》的规定，对职工是否因工作遭受事故伤害或患职业病进行认定。而确认劳动关系则是通过劳动争议仲裁或诉讼程序，由劳动争议仲裁委员会或人民法院根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》及相关法律法规，对劳动者与用人单位之间是否存在劳动关系进行确认。

法律背景：

• 《工伤保险条例》第十八条规定，提出工伤认定申请应当提交与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料。但这并不意味着在工伤认定程序开始后，就不能再通过诉讼程序确认劳动关系。
• 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条明确规定了因确认劳动关系发生的争议属于劳动争议，适用该法。

二、实际案例中的操作

在实际操作中，如果劳动者在申请工伤认定时，无法提供与用人单位存在劳动关系的证明材料，或者用人单位否认存在劳动关系，社会保险行政部门可能会中止工伤认定程序，并告知劳动者先通过劳动争议仲裁或诉讼程序确认劳动关系。即使工伤认定程序已经开始，如果后续发现劳动关系存在争议，劳动者仍然可以提起诉讼确认劳动关系。

法律建议：

• 如果劳动者在申请工伤认定时遇到劳动关系争议，应及时咨询专业律师，评估案情并准备相关证据材料。
• 劳动者可以在提起工伤认定申请的同时，或之后，向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起确认劳动关系的仲裁或诉讼申请。

三、法律后果与考量

1. 工伤认定程序的继续：如果劳动者在工伤认定程序开始后提起确认劳动关系的诉讼，且最终法院确认存在劳动关系，那么社会保险行政部门将继续进行工伤认定程序，并根据认定结果作出相应的工伤认定决定。
2. 诉讼时效与证据收集：劳动者在提起确认劳动关系的诉讼时，需要注意诉讼时效的问题，并尽可能收集充分的证据来证明与用人单位之间存在劳动关系。这包括但不限于劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等。
3. 综合策略：从策略上讲，劳动者可以在申请工伤认定的同时，积极准备确认劳动关系的诉讼材料，以便在需要时能够迅速提起诉讼。这样不仅可以节省时间，还可以避免因劳动关系争议而导致的工伤认定程序延误。

总结与提示： 工伤认定程序与确认劳动关系的诉讼程序是相互独立的，劳动者在工伤认定程序开始后仍然可以提起诉讼确认劳动关系。如果遇到此类问题，建议劳动者及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。