结论：公司因员工怀孕无法工作而扣工资的行为是违法的，员工有权要求公司补发工资并可能获得相应的赔偿。

法律背景与解释：

1. 孕期保护：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国妇女权益保障法》的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内，享有特殊的劳动保护。公司不得因女职工怀孕而降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。

2. 工资支付：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论员工是否因怀孕而暂时无法工作，公司都应按时足额支付其工资。

法律建议：

1. 与公司沟通：首先，建议员工与公司进行沟通，明确表达自己的权益和诉求，要求公司补发被扣的工资。在沟通过程中，可以引用上述相关法律法规，以增强说服力。

2. 收集证据：如果公司拒绝补发工资或沟通无果，员工应开始收集相关证据，如工资条、银行转账记录、与公司沟通的录音或聊天记录等，以证明公司存在扣工资的行为。

3. 申请劳动仲裁：在收集到足够证据后，员工可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司补发工资并可能获得相应的赔偿。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力。

4. 提起诉讼：如果员工对劳动仲裁结果不满意，还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。

可能的法律后果：

• 如果公司被认定存在扣工资的行为，除了需要补发工资外，还可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款等。
• 员工因公司违法行为而遭受的损失（如精神损害等），也可以要求公司进行赔偿。

进一步思考：

• 员工在孕期应更加关注自己的权益保护，及时了解相关法律法规和政策，以便在遭遇不公时能够迅速采取行动。
• 公司也应加强法律意识，尊重和保护女职工的合法权益，避免因违法行为而面临法律风险和声誉损失。

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