结论：公司将周日规定为工作日是否合法，需结合具体情况判断，主要看是否违反了国家关于工作时间和休息休假的法律规定。

分析如下：

1. 标准工时制度下的情况：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，第三十八条规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
   • 在标准工时制度下，如果公司安排员工周日工作，但确保员工每周至少有一天休息，并且总工作时间不超过法定标准，且支付了相应的加班费（如果周日工作属于加班的话），那么这种安排是合法的。但通常，周日作为休息日更为常见，如果公司长期将周日设为工作日，可能涉及对员工休息权的侵犯，除非能够证明这种安排是出于特殊需要且已得到员工同意或符合行业惯例。

2. 综合计算工时制度或不定时工时制度下的情况：

   • 如果公司实行的是综合计算工时制度或不定时工时制度，并且已经得到了劳动行政部门的批准，那么公司可以根据生产需要安排员工的工作时间，包括周日。但即便如此，公司也需要确保员工的平均工作时间不超过法定标准，并保障员工的休息权。

3. 加班与加班费的问题：

   • 如果公司安排员工在周日工作，且这超出了员工正常的工作时间，那么这通常被视为加班。根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，加班应当支付加班费。具体来说，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。

4. 特殊行业或岗位的情况：

   • 对于某些特殊行业或岗位，如医疗、交通、公共安全等，由于工作性质的特殊性，可能需要员工在周日工作。在这种情况下，公司需要确保员工的休息权得到保障，比如通过轮休、调休等方式来实现。

建议：

• 如果你作为员工，对公司将周日规定为工作日有疑问或不满，首先可以与公司的人力资源部门或管理层进行沟通，了解公司的具体安排和理由。
• 如果沟通无果，或者你认为公司的安排违反了法律规定，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司未经批准擅自实行特殊工时制度，或者违反了关于工作时间和休息休假的法律规定，可能会面临劳动行政部门的处罚，包括警告、罚款等。
• 作为员工，如果公司侵犯了你的休息权或未支付加班费，你有权要求公司改正并支付相应的赔偿。

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