公司安排员工星期六、星期天上班是否合法，主要取决于公司所实行的工时制度以及是否履行了相关的审批手续。以下是对此问题的详细分析：
标准工时制下的合理安排：
- 根据我国《国务院关于职工工作时间的规定》，标准工时制度为每日工作8小时、每周工作40小时。
- 在此制度下，如果公司安排员工周六、周日上班，但保证了员工在其他时间有相应的休息日，并且员工每周的总工作时间未超过40小时，这种安排是合法的。不过，通常情况下，标准工时制下会保证员工至少一天的休息日，若连续两天都安排上班且未安排补休，则可能涉及加班问题。
综合计算工时工作制：
- 对于因工作性质特殊需连续作业或受季节及自然条件限制的企业，经劳动行政部门审批后，可以实行综合计算工时工作制。
- 在此制度下，即便周六、周日正常上班，只要整个综合计算周期（如一个季度、一年等）内的总实际工作时间不超过法定标准工作时间，也是合法的。
不定时工作制：
- 对于企业中的高级管理人员、外勤人员等无法按标准工作时间衡量的职工，经劳动行政部门审批后，可以实行不定时工作制。
- 在此制度下，员工的工作时间不受标准工作时间的限制，因此周六、周日上班通常也是合法的，且不存在加班问题。
不合法情形：
加班未支付加班费：
- 在标准工时制下，如果公司安排员工周六、周日上班且未安排补休，则属于加班。
- 根据《劳动法》规定，用人单位应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。若公司未按此标准支付，则属于违法行为。
未经审批实行特殊工时制：
- 如果公司未经劳动行政部门审批，擅自实行综合计算工时工作制或不定时工作制，并安排员工周六、周日上班，即使从表面看工作时间似乎合理，但这种行为本身违反了工时制度审批的规定，因此属于不合法行为。
建议：
- 对于公司而言，应首先明确自身的工时制度，并严格按照法律规定执行。如需实行特殊工时制，应提前向劳动行政部门申请审批。
- 对于员工而言，应了解自己的权益，如认为公司安排周六、周日上班的行为侵犯了自己的合法权益（如未支付加班费、未经审批实行特殊工时制等），可以与公司协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。