公司星期六、星期日不让上班是否合法，主要取决于公司所实行的工时制度以及是否履行了相关的审批手续。以下是对此问题的详细分析：
标准工时制下的情况：
- 根据《国务院关于职工工作时间的规定》，我国实行劳动者每日工作8小时、每周工作40小时的标准工时制度。
- 在此制度下，如果公司选择星期六、星期日作为休息日，不安排员工上班，这是完全合法的，因为这符合标准工时制的要求，即保证了员工每周有足够的休息时间。
- 反之，如果公司原本就将星期六作为正常工作日，但保证了员工周日休息，并且员工每周的总工作时间未超过40小时，那么这种安排也是合法的。但若公司未经员工同意，擅自改变休息日，且未保证员工每周总工作时间不超过40小时，则可能涉及违法。
综合计算工时工作制下的情况：
- 对于因工作性质特殊需连续作业或受季节及自然条件限制的企业，经劳动行政部门审批后，可以实行综合计算工时工作制。
- 在此制度下，公司可以根据生产需要，灵活安排员工的工作时间和休息时间，包括星期六、星期日上班。只要整个综合计算周期内的总实际工作时间不超过法定标准工作时间，就是合法的。
不定时工作制下的情况：
- 对于企业中的高级管理人员、外勤人员等无法按标准工作时间衡量的职工，经劳动行政部门审批后，可以实行不定时工作制。
- 在此制度下，员工的工作时间不受标准工作时间的限制，因此星期六、星期日上班通常也是合法的，不存在加班问题。但公司仍需确保员工的工作时间合理，且符合劳动法的相关规定。
不合法情形及后果：
- 如果公司未经劳动行政部门审批，擅自实行综合计算工时工作制或不定时工作制，并安排员工星期六、星期日上班，即使从表面看工作时间似乎合理，但这种行为本身违反了工时制度审批的规定，因此属于不合法行为。
- 在这种情况下，员工有权向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。公司可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
建议：
- 对于公司而言，应首先明确自身的工时制度，并严格按照法律规定执行。如果需要实行特殊工时制度，应提前向劳动行政部门申请审批。
- 对于员工而言，应了解自己的权益和公司的工时制度。如果认为公司安排星期六、星期日上班的行为侵犯了自己的合法权益，可以与公司协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
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