结论：工厂因质量问题扣工资的百分之三或百分之六是否违规，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、法律对工资扣除的基本规定

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

分析：

• 若工厂与劳动者在劳动合同中明确约定了因质量问题可扣除工资的比例，且该比例不超过当月工资的20%，同时扣除后工资不低于当地最低工资标准，则工厂扣除工资的行为是合法的。
• 若劳动合同中未明确约定，或扣除比例超过20%，或扣除后工资低于最低工资标准，则工厂扣除工资的行为可能违法。

二、质量问题与工资扣除的关联性

1. 质量问题是否由劳动者造成：

   • 若质量问题确实由劳动者造成，且工厂能提供充分证据证明，则工厂有权要求劳动者赔偿经济损失，包括从工资中扣除相应金额。
   • 若质量问题非劳动者造成，或工厂无法证明是劳动者造成，则工厂无权扣除劳动者工资。

2. 扣除比例的合理性：

   • 即使质量问题由劳动者造成，工厂扣除工资的比例也应合理。百分之三或百分之六的扣除比例，在劳动合同有明确约定且不超过20%的前提下，可能是合理的。
   • 若扣除比例过高，可能被视为对劳动者的不公平对待，甚至可能构成克扣工资。

三、实际操作中的建议

1. 审查劳动合同：

   • 劳动者应仔细审查劳动合同中关于工资扣除的条款，确保自己的权益不受侵害。
   • 若劳动合同中未明确约定或约定不明确，劳动者有权要求工厂进行说明或修改。

2. 保留证据：

   • 若工厂因质量问题扣除工资，劳动者应要求工厂提供充分证据证明质量问题是由自己造成的。
   • 劳动者也应保留与工作相关的证据，如工作记录、质量检测报告等，以备不时之需。

3. 寻求法律援助：

   • 若劳动者认为工厂扣除工资的行为违法或不合理，可向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
   • 在投诉或寻求法律援助时，劳动者应提供相关证据和劳动合同等文件，以便相关部门或律师进行调查和判断。

举例说明： 假设某劳动者月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。若劳动合同中明确约定因质量问题可扣除工资的5%，且该质量问题确实由劳动者造成，则工厂每月最多可扣除250元（5000元的5%），扣除后劳动者仍能获得4750元工资，高于最低工资标准，因此工厂扣除工资的行为是合法的。若劳动合同中未约定扣除比例或约定超过20%，或扣除后工资低于最低工资标准，则工厂扣除工资的行为可能违法。

总结：工厂因质量问题扣工资的百分之三或百分之六是否违规，需结合劳动合同约定、质量问题是否由劳动者造成、扣除比例是否合理以及扣除后工资是否低于最低工资标准等因素进行综合判断。劳动者在遇到此类情况时，应仔细审查劳动合同、保留证据并寻求法律援助以维护自己的合法权益。